1949年9月间，蒋介石去昆明的那天，毛人凤先去机场安插。厥后蒋经国先来了，毛人凤在歇息室中对蒋经国说话时低三下四的。他还对部属说：“你把首要的环境好好陈述一下，对经国先生就该当像对总裁一样。”
实在他那种奉迎蒋介石获得信赖的体例，连他本身也不能做到，一些规定不久也连续窜改了。如新汲引发来的一些省站站长，都是他以为最忠厚可靠的特训班毕业门生，像重庆站长吕世琨、贵州站长钱霁林、西康站长董士立等，都是临训班毕业的。而一些担负公开构造职务的像重庆稽查处长罗国熙，绥靖公署二到处长徐远举，贵阳省会差人局长东方白，戒备副司令陈世贤等人，都是军统老资格，那里肯接管这些后辈的带领。不到一年，毛人凤只好窜改体例，仍由一些公开单位卖力的大间谍兼任省站站长，同一带领各省的事情。
马汉三等人解到南京后，动静很快在军统内部传开。毛人凤自扣押马汉三今后，便再没有和马见过面。马汉三等人关在保密局设在南京宁海路19号领受汉奸间谍构造的一所牢房内。按照王蒲臣等在北平汇集到的大量质料，和马汉三供词的记录，毛人凤才再次签报蒋介石将马汉三等人枪决。蒋介石只批准了杀马汉三和刘玉珠两人。马在看管所中，曾多主要求见毛人凤一面，每次老是由司法处长李希成代为提出。毛人凤奸笑了一声说：“有甚么话叫他同你(指李)说好了，我见他做甚么？”
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当时军统局在重庆把握的公开单位很多，局本部各主管部分的卖力职员常常借口观察事情，乘机找油水，每次总有很多好处可得。很多公开构造带领人常常请他去观察，他老是说：“我不是单位卖力人，只是内勤部分的帮手，我没有需求，也不便出去观察。”
有一天，毛人凤见了蒋介石返来，非常欢畅地找了几个常日与他最靠近的人一起说话，他津津有味地谈到，此后要使军统事情“专业化”，不主张搞奥妙事情的大间谍们再去兼任与本身停业无特别需求的公开职务，要把公开构造与奥妙单位分别他还说，不准军统大小间谍擅自兼营贸易，畴昔搞的买卖都要停止。今后除了由保密局办的“三有公司”外，小我均不得以任何体例和用亲人的名义去入股经商，一经查出，便以违犯规律论处。他还谈到，此后在事情上不能对外徇情，要求统统间谍一心一意为蒋介石尽忠。
抗战期间，毛人凤和陈诚同住在军统局局本部隔壁的杨森在重庆的屋子里。他们每天收支见面的时候，固然毛人凤很客气有规矩地向陈打号召，陈老是爱理不睬地看一下，相互极少扳谈。戴笠身后，陈比畴昔更有权势，有次他在重庆军委会大会堂发言时，公开把军统骂了一顿，并说像军统在抗战期间搞的那些游杂军队比匪贼都不如。毛人凤听到这些话，长长地叹了几声，深深感到这是一个最大的停滞。从那今后，他便决计要想尽统统体例来和缓陈诚对军统的恶感。他除了低声下气去就教以外，便托杨森去和陈拉干系，但是见效仍不大。陈诚到南京后，还是对军统停止过公开的叱骂，但厥后俄然间一下窜改了态度。陈诚和毛人凤竟然来往得很密切，这中间有这么一个过程。
马被扣押今后，郑介民和他老婆都非常焦急，但又不便出面包庇，也没法公开托人讨情，因为他们晓得属于郑派的大间谍，毛人凤都恨之入骨。郑介民妻便找沈醉探听，沈醉便据实奉告了她，并且表示马已把他和很多人贪污分红的事和盘托出。她听了很焦急。当沈醉把这环境向毛人凤谈及时，毛人凤很对劲地说：“答复得很好！免得她们再来啰嗦。这还能讲甚么情面吗？”