初平二年，董卓大败于孙坚，回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。
孙坚听罢大笑，指天为誓道：“吾若私藏玉玺，异日不得善终，死于刀箭之下！”
袁绍却调侃道：“孙文台之疾，只怕是传国玉玺吧！”
却见袁绍唤来一军士，言道：“打捞之时，有此人否？”
董卓既死，长安兵民百姓相庆于道，卫士皆呼万岁，尽诛董氏宗族。因而，朝廷以王允录尚书事，以吕布为奋威将军、假节，仪比三司。
初平三年（192）蒲月，董卓被诛今后，其部将李傕、郭汜、张济、樊稠等人恐忧不安，遣使到长安祈求赦免。时王允执掌朝政，不予赦免。
又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。
袁绍见世人各自分离，就领兵拔寨，离洛阳，投关东去了。
六月吕布部下叛变，引李傕军入城。吕布与李傕在城中接战倒霉，领数百骑接王允出逃。王允不肯去，吕布突围而走。李傕、郭汜等驻军于皇宫南宫门外，杀鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越校尉王颀等，又纵兵杀掠，官民苍存亡者万余人，死尸积路，王允扶献帝上长安城宣平门避兵，李傕等屯兵于门前，威胁献帝交出王允。王允遂下城数，被李傕等抓获。李傕等使献帝赦天下，诛杀王允及其老婆。又自封官号，李傕为扬武将军、郭汜为扬烈将军，樊稠等皆为中郎将。
初平三年四月，献帝有病初愈，众臣朝会于未央殿。董卓乘车而入，以兵保护道旁，并使吕布随车戍卫。王允使尚书仆射士孙瑞写诛卓圣旨托付吕布。吕布令同亲骑都尉李肃带懦夫十余人扮作卫士埋伏于朝门内，董卓入，李肃一戟将其刺倒，吕布随即将董卓刺死。
“你！”袁绍见状大怒。
董卓吕布皆乃好色之人，早在洛阳之时，王允便想设美人计除之，怎料迁都之时不见了貂蝉，故此迟延至今。
众诸侯闻言，很有深意的看着袁绍，要晓得袁术也是袁氏之人，二人在外人眼中本是一体，袁绍先前那番行动，很有贼喊捉贼的怀疑啊……
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两人议定，派人请袁术商讨，袁术欣然应允，得了玉玺便率军往南阳去了。
孙坚大惊，万幸玉玺已经送出，料定有人告发，不动声色：“盟主何出此言？”
王允沉吟好久，思及府中歌伎红袖。红袖乃是迁都之时被王允救下，因其无处容身，又通习歌舞，故留于府中充做歌伎，感王允大恩，尝言：倘有效妾之处，万死不辞！
董卓残暴好杀，诸将稍有言语差失，当即正法，又以背叛之名，大杀关中旧族。
于长安筑郿坞，役民夫二十五万人筑之，其城郭高低厚薄一如长安，内盖宫室，堆栈屯积二十年粮食；选官方少年美女八百人实此中，金玉、彩帛、珍珠堆积不知其数；家眷都住在内。
初平三年初，董卓因事欲杀吕布，吕布心生嫌怨，告于司徒王允。王允等见机会来到，遂劝谕吕布杀董卓，为天下除害。
更有虐杀北地降卒，或断其手足，或凿其眼睛，或割其舌，以大锅煮之，邀百官同食。其间，哀号之声震天，百官战慄失箸，独董卓饮食谈笑自如。
王允便教其行那连环之计，先将红袖许嫁吕布，后献与董卓；着红袖于中取便，谍间他父子反目，令吕布杀董卓，以绝大恶。