位于巴伐利亚的奥格斯堡现在成了法军的首要火线供应地，拿破伦号令贝尔蒂埃将慕尼黑变成战役批示中间。另有一个很严峻的题目包围着拿破伦，那就是初冬的暴风雪和酷寒已经来临，但是法国甲士身上穿的仍然是8月从英吉利海峡转移时穿的衣服。因为后勤运输不敷的启事，如果不能在寒冬到临之前击败敌军的话，那么法军就很能够输掉这场战役。
为了抢占头功，缪拉和拉纳军超出高出在宽广多瑙河上的维也纳大桥攻进了维也纳城。在这场战役以及今后的战役中，法军透露的一个影响战役力的缺点是：法兰西天子的初级批示官之间的嫉恨和敌意。这天然使拿破伦计谋战术的胜利实施遭到停滞。
固然法军获得了巨大的胜利，但目前的战况还是不明朗。固然奥军主力已经被毁灭，但算上正敏捷赶回的约翰至公和查理至公的军队，仍然还是能凑够十几万的，要吃掉的话也还是要费一番工夫的。并且另有一个对法军很坏的动静就是库图佐夫的38，000俄军现在已经到了维也纳20英里以外，在他的身后是全部俄国雄师总计约226，000人。这是一个非常严峻的题目。
几天以后，法军向沙皇亚历山大的军队逼近，赖伊尽力追击库图佐夫；巴格拉吉昂亲王固执扼守奥博霍拉布鲁恩，保护库图佐夫撤退。俄国将军维茨格罗德向缪拉提出了停战的要求，缪拉竟笨拙地同意了；如许不但使库图佐夫得以顺利逃脱，并且和沙皇亚历山大的兵力汇合，这恰是拿破仑竭尽尽力想要制止产生的事。“我完整无话可说了！”11月10日，拿破伦对缪拉嚷道，“当即撕毁停战和谈，去打击仇敌！进步！摧毁俄军！”但此时已经太晚了。缪拉违背了拿破仑的计谋目标和号令，使俄军在奥洛穆茨四周占据了无益于防卫的阵地。
到了这个时候，拿破伦仍然没能够和俄军正面比武，法军已经非常怠倦。拿破伦不晓得缪拉到底是如何了？之前，他老是能够遵循拿破仑的号令行事的，并常常能使战役产生转机。现在，他仿佛成了停滞物，成了法军的拖累。不过，这是他被册封元帅并且在为王位的担当权产生争辩以后初次出征，在此次战役中他较着地表示出他作为一个军团司令的不成靠性。
俄军统帅库图佐夫的军团是离查理至公和维也纳比来的军团，出乎拿破伦的预感，在法军大肆逼近维也纳的时候他却回绝和他的奥军盟友一起保卫奥天时的都城维也纳。在法军还来不及展开行动之前，库图佐夫批示俄军敏捷撤离，在克雷姆斯度过量瑙河，向北实施撤退。俄军撤退时几近炸掉了多瑙河上统统的桥梁，以禁止法军的追击。拿破伦号令缪拉、拉纳和达武军追击库图佐夫军。
俄军北撤以后，多瑙河南岸地区的奥军兵力更加薄弱，法军因此得以长驱直入，几近没有碰到甚么抵当。10月28日，达武重创俄军后卫军团(由奥军分遣队构成)，库图佐夫仍然未转头赐与救济。而缪拉，没有和达武一起乘胜追击库图佐夫，而是私行决定攻打抢占胜利嘉奖的珍宝――维也纳。拿破伦在林茨得知了缪拉的严峻弊端――究竟上该弊端导致库图佐夫得以沿多瑙河撤至俄军主力地点的摩拉维亚，怒不成遏的拿破伦不敢信赖此事，当即给这位妹夫发了一封说话峻厉的信，痛骂缪拉莽撞得像个疯子，因为他的私行行动使法军在追击库图佐夫的过程中丧失了两天贵重的时候。缪拉不睬解法军的计谋目标是摧毁敌军的有生力量，而不是攻占城池。因为他没有履行拿破伦的与达武“密切共同”的号令，使得本来能够大获全胜的战役变得疑云重重――如果联军杀回马枪，或许还会使法军一败涂地。但是，说到底，拿破仑本来就对缪拉不满，深层的启事无疑是缪拉曾经和约瑟芬睡过觉；加上他在此次战役中频频违背拿破仑的企图、放跑库图佐夫，贻误了战机，拿破仑对他天然更加不满。