孙承宗回家以后，开端埋头于《督师全书》《古今中官志》、《高阳集》等著作当中，还常常与鹿善继、孙奇逢等人参议学问，同时教诲子孙，助民致富。
4年（万历四十二年）岁擢詹事府右坊右中允，不久迁左坊左中允。努尔哈赤袭抚顺，又陷开原、铁岭。廷议yù起用熊廷弼。承宗颁发“当大事须置身天宇以外，俯视所营”之论，并与徐光启纵论练兵事件。玄月，六子孙铈出世。
天启五年（年）魏忠贤派寺人刘应坤到山海关，以帑金十万两犒军，为承宗所鄙夷.。同年代，柳河之败，导致了孙承宗的离职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯镪的话，派兵渡柳河，剿袭耀州，中伏遭败。阉党借口马世龙丧失马匹六百七十匹、甲胄等军用物质，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗气极，连上二疏，自请罢官。玄月，返乡。
年（万历三十一年）4岁六月，四子孙鋡出世。玄月，到京师善果僧舍读书，筹办插手来岁会试。
万历三十二年（4年），孙承宗中进士第二名（榜眼），授翰林院编修，入翰林十年。
年（万历二十七年）岁赴大同为巡抚房守士课授后辈。帮忙房守士停歇一场兵士叛变。蒲月，三子孙钤出世。
年（崇祯五年）岁正月，七十诞辰，鹿善继特地至高阳祝寿。撰《督师事件》、《古今中官志》等。
孙承宗遗留的军事著作有《车营扣答合编》。这是他在督师蓟辽，运营辽西防务时，筹划反攻辽东与其部属会商军事题目的记录清算而成的。全书共一百零个问答，由《车营总说》、《车营百扣》、《车营百答》和《车营百说》等四部分构成，通过问、答、说、图等对车营编组体例、营阵布列、行军作战、后勤保障等题目，作了详细的阐发和解说。在作战指导思惟上，很正视阐扬火器的感化与各兵种的协同行动。如说：“用车在用火”，“用火在叠阵”。所谓“用火”便是发扬火力；所谓叠阵即步、骑、炮堆叠配置，相互协同，是非相补。战役队形也要因地制宜，矫捷矫捷天时用方、圆、曲、直、锐等各种队形，向人们揭示了火器和冷兵器并用期间，步、骑、炮等诸兵种协同作战的雏形，在军事思惟生长史上，具有首要的史料代价。但《车营百答》则多出自赞画鹿善继、副总兵官茅元仪等人之手。当时因为保密，未能全数发行。清同治七年()才汇刻成书，四卷，万余字。
登莱巡抚袁可立与孙承宗同为天启二年殿试同考官，共同主辽期间满人蜷伏。孙承宗将辽海防务委之于袁可立，非常倚重。他说道：“读后先大疏，皎皎揭rì月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩”（孙承宗《高阳集?答袁节寰登抚》）。别的，还要抚辽西、恤辽民、简京军等，都获得了明熹宗的批准。
明天启二年（年）孙承宗升任为礼部右侍郎。后因明朝丧失广宁，辽东经略王在晋离职，天启帝以孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士。他上任后，上疏条陈当时军事体制与作战批示上的弊端，追求鼎新，首要内容有：()“兵多不练，饷多不核”。这是说当时军队练习差，后勤供应混乱。()“以将用兵，而以文官招练；以将临阵，而以文官指发；以武略边，并且增置文官于幕府”。指出当时“以文制武”批示战略的失误。()“以边任经、抚，而rì问战守于朝”，指出“将从中御”的不当。是以，他主张“今天下当重将权。择一沉雄有主略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿使文吏用小见沾沾陵其上”。