月初九rì，农夫军霸占成都。明藩成都王朱至澍、承平王朱至渌他杀，四川巡抚龙文光、巡按御史刘之渤、按察副使张继孟等明朝派驻四川的首要官员因拒不投降，均被农夫军正法。“初，李自成使马珂入川，攻陷顺庆。”玄月，命将马珂扼守绵州，张献忠派艾能奇往攻之不克，亲身去批示，马珂败走汉中。十月，李定国霸占保宁；孙可望下龙安，使王运转守之，又率兵攻茂州，克之。接着，艾能奇又霸占雅州。至此，四川大部地区被张献忠的农夫军所节制。
张献忠
在军事上，大西政权设五军都督府，中军王尚礼，前军王定国，后军冯双礼，左军马元利，右军张化龙。分兵一百二十营，有“虎威、豹韬、龙韬、鹰扬为宿卫”，设都督领之。城外设大营十，小营十二，中置老营，名为御营，献忠居之。又命孙可望为平东将军，监十九营；李定国为安西将军，监十六营；刘文秀为抚南将军，监十五营；艾能奇为定北将军，监二十营。分兵四出，“遂占有全蜀”。
抗清斗争
清顺治三年（4年），局势越来越严峻。当军队达到川北西充县与盐亭县交界处凤凰山坡时，大西国天子张献忠与清朝亲王豪格相遇，两军苦战当中，张献忠中箭身亡。
崇祯十二年（）蒲月，张献忠在谷城重举义旗。义兵很快打倒守备谷城官军，杀了县令阮之钿和巡按御史林铭球，拆毁城垣，劫库纵囚。明监军道张大经和马廷宝、徐起祚被迫投降。张献忠分开谷城时，把官府高低大小官员向他索贿的名单、数字和时候，都详细地写在城表里的墙壁上，使百姓看清了明朝政治的腐朽。
张献忠身后，他的部将孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇、冯双礼等带领农夫军向南，在 qì遭到明军曾英部的阻击，农夫军击毙守将曾英后，持续向贵州方向转移。后与南明结合，共同抗击清军，转战在西南各省的泛博地区，对峙了近二十年，直到清朝的康熙初年。
崇祯年（），各路义兵被官军围困于河南。为了冲出包抄圈，十三家义兵首级，在河南荥阳停止了军事集会。参议成果，决定分兵反击，突破官军的围歼打算。会后，张献忠和李自成在闯王高迎祥的带领下，向东挺进。这支东路军的主力就是张献忠的军队。他的军队作战英勇，连破河南的固始和安徽的霍丘等州县，直指明朝的中都凤阳。
崇祯十三年十仲春，杨嗣昌眼看没法毁灭义兵，就采取“招安”体例，企图分化崩溃。他宣布赦免罗汝才罪，归降者授以官职，唯不赦张献忠，有能擒获张献忠者赏万金，封侯爵。但第二天杨嗣昌驻地的墙壁上就呈现“有能斩督师来献者，赏银三钱”的书记。义兵针锋相对的回击，使得杨嗣昌非常懊丧，并思疑摆布都通义兵。
张献忠的大西政权和农夫军，除了与明朝在四川的残存军队对抗外，还要同四川的地主武假装斗争。原川陕总督樊一蘅仍任原职，南明政权又任命原大学士王应熊为兵部尚书总督川湖云贵军务，并赐尚方宝剑便宜行事，驻扎遵义，主持对张献忠作战。是年三月，明四川巡抚马干派副将曾英带兵攻陷 qì。接着，阁部王应熊会兵遵义，副将杨展、屠龙、莫宗文、贾登联等请复川南。“起甘良臣为总统，副以侯天锡、屠龙，合参将杨展，游击马招考、余朝宗所携溃卒，得三万人。”于三月攻陷叙州，大西农夫军丧失一千余人。时副将曹英、参政刘鳞长及部将y大海、李占、张天相称，都受樊一蘅节制，有兵十余万。他们不竭地向农夫军策动进犯，企图规复失地。