崇祯八年（1635），民变军进入安徽。阮大铖避居南京，当时复社中名流顾杲、侯方域、黄宗羲等仇恨其为人，作《留都防乱公揭》驱之，连保养了几十年的大胡子都被复社后辈追着拔掉了很多，被弄得非常狼狈。
本日江左情势视之晋、宋更加艰巨，肩背腹心，三面受敌。
半途他想与复社和东林媾和，是以在复社魁首张溥为其师周延儒复相而驰驱活动时慷慨解囊互助，表示情愿重归东林。东林反对周延儒酬谢他。是以崇祯一朝终未得仕。
崇祯二年(1629)，魏党事败，他上书指出东林与阉党都“党附寺人”，应当一起罢去，崇祯不听，成果他名列逆案被罢官，避居安庆、南京，招纳游侠，谈兵说剑，结成文社。
不过周延儒也不是完整没有节操，固然碍于东林的禁止，不能启用阮大铖，但他同意阮大铖保举一名死党入朝，阮大铖因而保举马士英代替本身，马士英由此登上高位，代替了被张献忠打得很惨的高斗光被起用为凤阳总督。
不久在魏公公四周挥动橄榄枝时，投奔阉党成为太常少卿，“弃暗投明”。
魏忠贤当权时，他深知本身是东林出身，又当上了反东林表率，估计是两面难奉迎，是以行事非常谨慎。一段时候后，他又归乡里，筹算张望情势。