崇祯帝号令袁崇焕顿时进宫。袁崇焕接到号令，也不晓得产生了甚么事，仓猝进了宫。崇祯帝拉长了脸，责问说：“袁崇焕，你为甚么要私行杀死大将毛文龙？为甚么金兵到了北京，你的援兵还迟迟不来？”
当时皇太极面对的情势是：二贝勒阿敏是皇太极的堂兄，其父舒尔哈齐开罪被圈禁至死。阿敏本身也犯下大过，天然没有资格也没有前提争夺汗位担当权；三贝勒莽古尔泰是皇太极的五兄，有勇无谋，生性莽撞，兵力较弱。他的生母富察氏曾因不对开罪，莽古尔泰竟亲手杀死母亲。他申明狼籍，可做统兵大将，但不能做一国之君，更没有前提争夺汗位；大贝勒代善有资格、有前提也有能够担当汗位。代善脾气宽柔、深得众心，且军功多、权势大。努尔哈赤曾预示今后由其袭受汗位，说：“百年以后，我的季子和大福晋交给大阿哥收养。”大阿哥就是代善。皇太极虽怀弘愿、藏玄机、有帝王之材，但同乃兄代善争夺汗位担当，各方面均处于倒霉的职位，因而不得不暗设玄机。
袁崇焕不由怔了一下，这些话都是从哪儿提及？他正想辩论，崇祯帝已经喝令锦衣卫把袁崇焕捆绑起来，押进大牢。
皇太极像努尔哈赤一样勇猛善战，但在策画上却高他父亲一筹。先借袁崇焕之剑斩毛文龙，随后又借明崇祯之刀杀袁崇焕，巧施奇策除敌手，这便是皇太极一手导演的“佳构”。
有个大臣晓得袁崇焕常日忠心为国，感觉事情蹊跷，劝崇祯帝说：“请陛下慎重考虑啊！”
据清廷秘传:努尔哈赤小福晋德因泽向天命汗告密大福晋两次备好菜送给大贝勒，大贝勒受而食之；又送给四贝勒，四贝勒受而未食。大福晋常常派人去大贝勒家，还在深夜外出宫院。努尔哈赤派人调查失实。因为惊骇家丑传扬，便借端惩办大福晋。这件事在满洲贵族中暴光后，大贝勒代善的声望大降，已有力图夺汗位。有学者说小福晋德因泽告密是遭到皇太极的教唆，皇太极藉大福晋同大贝勒代善难以说清道明的“隐私”，施一箭双雕之计：既使大贝勒申明狼籍，又使大福晋遭到惩办。大福晋在此次事件中受了点“伤”，但没有“死”，不久又重获努尔哈赤的宠嬖。
正如皇太极所料，袁崇焕乞降的心机是火急的，他深知上一年向崇祯许下的“5年复辽”不过是一张空头支票，胡想通过跟皇太极和谈，诱使后金退还已被攻占的辽东。颠末皇太极与袁崇焕之间，信使的多次来回，公开或奥妙的几度和谈，皇太极“佯许还辽”，“使杀文龙”，终究获得袁崇焕的“答书密允”，袁崇焕萌动了对毛文龙的杀机。明崇祯二年（1629年，后金天聪三年）六月，袁崇焕借前去辽阳火线观察之机，亲率一支由海员和甲士构成的小分队，渡海来到毛文龙地点的海岛营寨，他以慰劳为名向毛文龙的部众发放了10万两饷银，并在毛文龙的伴随下检阅军队和颁发发言。很多听者都被袁崇焕慷慨激昂的演说打动了，讲台下一片涕零声。俄然袁崇焕的话锋一转，面向站在身边的毛文龙列举了12项该问斩的罪行，随即对环列本身摆布的亲兵一声大喝：“还不给我脱手！”一名手捧崇祯所赐尚方宝剑的魁伟甲士，乘毛文龙正惊诧不备，挥剑将他斩于阅兵台前。崇祯帝在接到袁崇焕斩毛文龙的奏报后，非常震惊，但事已至此，又恰是要用他抵当后金的时候，只好对他先斩后奏的行动表示附和，不过在内心里却今后对这位袁大将军产生了疑忌，因为当时的京师正哄传一种流言：毛文龙体味袁崇焕同皇太极很多和谈奥妙，毛文龙的被斩同袁崇焕杀人灭口有联络。