篡夺辽河河套后，于辽东设立辽宁承宣布政使司，布政使司衙门驻沈阳府；
于海西、野人女真，内喀尔喀五部设开元承宣布政使司（源自元辽阳行省开元路），布政使司衙门驻黄龙府；
黄台吉因助剿有功，被封为建州左卫批示使、右都督，但被要求将部众迁往铁岭边墙北侧一处平原居住并收缴兵器，便于明廷监控。很多重臣、部众因不甘臣服而四散，其部下部众仅剩千余人，已没法对明朝形成威胁。
四月，明廷封黄台吉为建州卫都批示使，以舒尔哈齐擅杀褚英为由，号令黄台吉部，海西、野人女真，内喀尔喀五部，日本、朝鲜出兵围歼，史称“万历犁庭”。
明廷册封其为归义王，位居顺义王之下，废察罕浩特，令其搬家广宁，部众被编为二卫八所，归入大宁都司（后改成大宁承宣布政使司）统领，名义上仍属归义王麾下，实则由明廷任命亲明部族首级担负批示使。次年七月，为土默特部仇家刺杀于广宁归义王府外，年仅二十八岁，无嗣，顺义王爵位拔除。
遵循商定，舒尔哈齐向海西女真、野人女真偿还大片领地。同年七月，明廷为努尔哈赤制定僭越称制（此前努尔哈赤曾自称“女直国建州卫管束夷人之主”、再称“建州等到处所国王”、再到喀尔喀诸部上尊号“昆都伦汗”，尊称“神武天子”）、搏斗汉民、私行开矿等八大罪，将其与次子代善、一众随行职员一并斩首于顺天。
舒尔哈齐虽有几次小胜，但因内哄虎将丧失殆尽，终究寡不敌众，先败于萨尔浒，再败于赫图阿拉，流亡途中被联军追上并斩杀。联军将其麾下诸城付之一炬，其地划归抚顺统领。
万历四十三年（1615年），号称蒙古嫡派的察哈尔部，在其首级呼图克图汗（孛儿只斤・林丹巴图尔）带领下劫夺土默特部，明廷令其退兵不得，遂构造联军摆布夹攻察哈尔部。
对此，大部分重臣以为元妃两子皆被扣押，当拥立继妃之子莽古尔泰暂执国政，少部分大臣主张拥立六子黄台吉，两派辩论不休，内部分裂之势已见端倪。就在此时，努尔哈赤胞弟舒尔哈齐也来插上一脚，他以明朝客岁已封其为建州右卫批示使为由，要求领受建州女真。
他的要求直接遭到两派的明白反对，重臣何和礼、扈尔汉、扬古利等抢先拥立莽古尔泰，支撑黄台吉的大臣一度打算策动政变，但被黄台吉制止，后者终究决定率部出走，建州内部一时候士气降落、民气惶惑。