军事方面，除了整饬武备，当务之急便是尽快停止住关外日趋腐败的局势，袁可立、熊廷弼、赵率教、贺世贤和李名誉等能臣被前后起用或重用。放弃宽甸六堡之事被搁置。
秀保为挽救中原、制止今后生灵涂炭，遁辞本身为“朱翎”，乃福王后嗣，以获得万历天子信赖。
当年十月，努尔哈赤按打算率众进京朝贡，嫡子褚英、代善，重臣费英东、额亦都等随行。万历天子遣礼部设席接待，并着福王与王妃陪宴。
“孙儿本想在日本冷静度过此生，何如不忍见我皇明灭亡，汉家天下沦丧，不得已违背天意。现在已然泄漏太多，必遭天谴，然彼苍眷顾，仍留孙儿些许光阴措置家中事件，恳请陛下点到为止，容孙儿明日解缆返国。”
席间，努尔哈赤喝酒甚酣，酩酊酣醉，半途俄然神情亢奋，手舞足蹈，一度更摆脱世人禁止直冲至福王席前，对王妃出言不逊、言行轻浮，惹得福王大怒，当即令亲卫将其拘系，一行世人也一并押送诏狱。
政治方面，不但规复了“御门听政”，还对内阁停止了重组，各部缺员的环境也逐步获得改良。同时，为清算吏治，根绝党争，万历天子开端采纳办法和缓与文臣的干系，一方面，当年年底，责令福王就国，并借机缩减宫内及诸藩犒赏花消，国本之争告一段落；另一方面，为了压抑方才崛起的东林党，以及旧有的宣、昆、齐、楚、浙五党，分化文官个人，万历天子以用兵东北为名，设立“军机总理处”措置东北军政要务，后逐步参与各项军国大事商讨，直接对天子卖力，在职员构成上，名义上以内阁辅臣总领，实则由万历天子亲身提拔没有党系背景或党派根底浅的大臣卖力首要事件，意在超出被党争摆布的内阁，建立一套新的班底，强化中心集权。
令世人没想到的是，秀保返国后，万历帝竟一改荒怠，决计励精图治，再次推行新政。
经济方面，面对的题目最大，万历天子提出所谓“三步走”，一是拿出内帑安抚流民，暂抒难机；二是对张居正主政期间制定的政策重新核阅，特别是对“两税法”“一条鞭法”停止鼎新，尝试地租货币化，进步工商税，减少矿税；三是衍生出“摊丁入亩”“火耗归公”“士绅一体当差一体纳粮”等轨制，进一步停止地盘兼并，降落农夫承担。
说罢，万历清了清嗓子，表示内臣宣旨：“咨尔平秀保知尊中国，欣慕来同，特赐尔国姓，封尔为日本国王，赐之诰命。……尔其念臣职之当修，恪循要束；感皇恩之已渥，无替款诚。祗服纶言，永尊声教。钦哉！”
这一鼎新的最大窜改，就是内阁逐步虚位化，此前缺员的职务也多由天子通过军机总理处任命，越来越多豪门出身的官员是以上位，此前以内阁首辅马首是瞻的局面开端窜改，当初被夺职或致仕的沈鲤、王锡爵、李廷机、邹元标等文臣魁首则开端以内阁大学士兼总理大臣、协办大臣的名义同时在军机总理处和内阁办公，杨涟、左光斗等东林中正之士也多有接收，由此开端，军机总理处备受神驰和推许，党派之争如同无根之木，逐步偃旗息鼓。
次日上午，万历天子在文华殿设席接待秀保及亲眷，规格之高，亲王回京、公主探亲比之尤不敷。
“不了，见了徒增哀痛，陛下一向想立福王为太子，如何说呢，前面他们父子俩倒也都遂了您的心愿。”秀保苦笑道。
二更鼓起，秀保请万历早点歇息，万历面庞蕉萃，却挥挥手道：“无妨，朕还想听更多。”
同时，重开海禁，改市舶司为海关，设立海关监督，峻厉打击官方私运特别是武装私运，改由朝廷主导外洋贸易，确保白银大部流入国库（官方私运，得利者大要上为私贩，实则本地士绅、官僚以及在朝廷中的代言人，这也是为何当时重开海禁频频难以履行的启事），加强对西方知识的学习操纵。