但是，董卓却千万没有想到，在他还没来得及赶到洛阳之前，何进就在争斗中被张让等人杀死。这时，虎贲中郎将袁术（？一公元99年）也在洛阳统兵，听到何进被杀的动静后，便放火烧毁了南宫，并追杀张让等人。张让和中常侍段硅仓猝挟制少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃至黄河渡口小平津（今河南省巩县西南）。
在一次集会上，董卓肆无顾忌地说：“少帝愚笨脆弱，不能敬奉宗庙，没有资格担负天下的君主。为了国度和汉室江山着想，我想师法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立陈留王刘协为天子！”在场官员大多慑于董卓的淫威，对他专断专行、随心所欲的行动敢怒不敢言。只要尚书卢植劈面提出反对定见，以为少帝只是年纪幼小，行动品性底子就不能与太甲和昌邑王相提并论。董卓大怒，没想到卢植如此不敬，胆敢当众反对本身，便当即号令兵士将他推出斩首，幸亏侍中蔡邕死力劝止，卢植才免于一死。以后，董卓废掉少帝，将他贬为弘农王；另立陈留王刘协，即为汉献帝。
为了更有效地节制天子，董卓不顾朝臣反对，勒迫献帝将都城从洛阳西迁至长安。董卓还疏忽礼法和皇威，在本身的封地构筑了与长安城墙范围相称的坞堡，高厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来定名，并规定，任何官员颠末他的封地时，都必须上马，恭恭敬敬地对他行大礼。