军事委员会内设办公厅。1937年2月17日原主任朱培德病逝；3月6日徐永昌接任主任；1938年1月徐永昌调任军令部部长，贺耀组任主任；
军务司司长仍为王文宣．该司辖军事、防务、整备3个科。1937年7月为适应抗战需求增设要塞组，卖力各要塞之清算、扶植与行政教诲事项。1938年为兼顾办理炮兵军队．建立炮兵组，专司其责，
1937年7月全面抗战发作8月12日百姓当局国防最高集会和党政联席集会决定以军事委员会为抗战最高统帅部，并受权
2、军政部
1、国防最高集会
1937年8月11日gmd中心政治委员会第五十一次集会决定通过了《国防最高集会构造条例》，并送经gmd中心常务委员会第五十次集会决定通过.1937年11月中心常务委员会决定．将中心政治委员会之权柄暂行停止，由国防最高集会代行国防最高集会应设在军事委员会委员长地点地.1938年2月23日国防最高集会第七次集会决定修改《国防最高集会构造条例》，并送经中心常务会员会第七十次集会决定通过。6月又经中心常务委员会第八十一次集会修改,《国防最高集会构造条例》共10条。条例规定，国防最高集会为天下国防最高决定构造，对中心履行委员会政治委员会卖力.
兵工署仍以俞大维担负署长。所属除署本部外，军器司、司长陈隐冀．1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机器、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
军法司1937年9月军事委员会军法履行总监部建立，将该司所属军法处并入军法履行总监部审判组，仍由军法司职员兼办：该司司长仍为王震南：
侍从室第一处，主任钱大钧。钱于1938年3月调任航空委员会主任，林蔚接任主任。同时，陈希曾接莫我若任第一组组长。兼侍卫长钱大钧调离后，侍卫长一职空缺，王世和接陈善周任第三组组长，并代理副侍卫长。
2、大本营
国防最高集会设主席、副主席各1人，以军事委员会委员长为主席,中心政治委员会主席为副主席.委员有中心履行委员会常务委员、秘书长、各部部长、中心监察委员会常务委员、中心政治委员会秘书长；五院院长、副院长；行政院秘书长、各部部长,军事委员会委员；参谋总长、副参谋总长；军令部、军政部、军训部、政治部各部部长：军事参议院院长和由主席提出经本集会通过者；主席在上述委员中指定9报酬常务委员，其他各干系职员遇有需求时、可由主席告诉列席集会.国防最高集会的权柄为，国防目标之决定；国防经费之决定；国度总动员事项之决定和其他与国防有关首要事项之决定、
侍从室的构造,除原已建立的各处、组外，1938年在武汉又建立了第六组，附属第二处，同时也受第一处带领，综理统统特工构造的谍报停业，派唐纵任组长。
1、军事委员会
该部所属总务厅、马政司等人事、职掌仍旧：
军需署署长周骏彦，所属各司根基没有窜改。
建立后的军训部下辖机构大抵同原练习总监部。设有参事室，掌理关于法律章制之撰拟及交办事项，1938年2月任命徐
4、军训部
大本营建立后．为动员构造天下抗战，颁布《国军作战指导打算》、《第三战区作战指导打算训令稿》等训令，同时．将天下分别为5个战区，组建4个预备军和利组建多少个个人军，批示了华北方面的抗战和淞沪会战等。8月30日蒋介石决定，仍以军事委员会为抗战最高统帅部．不另设大本营，原大本营所设各部均转隶军事委员会，大本营于1938年1月正式撤消.