因为蒙古军进入中原之初，停止了赤裸裸的直接劫掠，忽必烈所掌管的漠南地区已是一片萧瑟之地。窝阔台即位以后，情势稍有窜改，他任用耶律楚材停止鼎新，其主旨是以中原地区行之已久的赋税体例来代替旧的蒙古贵族杀掠式的和无穷制的讨取，以便保持在汉地的统治。但是，新政实施不久，因为遭到蒙古贵族的狠恶反对，耶律楚材的鼎新以失利告终。到蒙哥即位前夕，汉地不治的环境更加严峻。即位伊始，蒙哥很有肃除积弊之势，但是因为蒙哥一系列的交战，这些办法很快就崩溃了。并且群众承担越来越重，为了回避债务催逼，人们纷繁流亡，地盘大量荒凉。
忽必烈即王位后，起首采纳的军事办法就是先派廉希宪、商挺为京兆等路宣抚使，安抚关中。当他们得知刘承平、霍鲁怀前来联络六盘山驻军，图谋反叛时，便采纳决然办法，将此二人杀死。忽必烈遂令陕西、四川宣抚使八椿节制诸军，又令汪惟良征集秦陇、平凉等地军队，加强关中防务，周到监督六盘山军队。值得忽必烈光荣的是六盘山驻军不但没有乘势直捣京兆，反而因久驻思归，竟沿河西走廊北撤，这就大大和缓了关中的局势，使廉希宪有机遇调军队抓紧设防。北撤雄师到甘州后，碰上阿里不哥调派的阿兰答儿部，两军汇合后，除一部分持续北撤外，大部分又折回南进。达到甘肃山丹县后，阿里不哥的军队恰好同八椿、汪惟良部相遇，两边展开苦战。成果阿里不哥所属的军队大败，阿兰答儿、浑都海前后被杀。忽必烈得知环境后，当即带领军队亲征阿里不哥的驻地和林。阿里不哥闻讯流亡谦州，忽必烈在第一阶段的比武中终究占有了上风。
忽必烈思考再三，决定持续率兵强渡长江，把宋军守城鄂州团团围住。但因为城内宋军的冒死抵当，蒙军久攻不下。这时，忽必烈又接到老婆来信，奉告他其弟阿里不哥正在抓紧策划，筹办担当王位，请他务必北返。忽必烈这才放弃攻宋，清算内哄，以防腹背受敌。他同宋军让步媾和，以江、淮一带为中登时带，然后带领雄师开端向北回撤。
阿里不哥固然被打败了，但忽必烈还要应对中原汉族军阀李璟的兵变。李璟原是成吉思汗南侵时，农夫叛逆将领李全之子。李全厥后率叛逆兵投降了蒙古，在攻南宋时战死。其子李璟秉承益都行省职，成为山东军阀，臣服蒙古。忽必烈继王位后，李璟暗中招兵买马，囤积军粮，赶制兵器，筹办谋反。当忽必烈同阿里不哥内部相争的时候，李璟抓紧了兵变的法度，后被人发觉，告密忽必烈。当时，忽必烈正同阿里不哥打得难明难分，有力兼顾，便采纳重金拉拢的体例，稳住李璟，并授予高爵，以调换火线的临时安宁。
忽必烈在安定了内哄以后，又开端停止了对南宋的战役，决计同一天下。
别的，为了筹办打击南宋的军粮、军费，忽必烈还非常重视屯田；以盐换粮，供应军饷；并在京兆，设立交钞提举司，印发纸钞。如许，忽必烈逐步节制了当时蒙古政权在中原汉地的相称部分的财权。
汉儒刘秉忠曾对忽必烈提出了“以顿时获得天下，不成以顿时治天下”的大题目，并以历代封建统治的经历，阐发此中的短长。他还进一步阐述旧轨制形成的弊害，主张建朝省、立法度、定官职、饬赋税，采取汉法，这对忽必烈思惟认识的窜改具有极大的影响。