卓未到时，王敦已遣处置中郎郭舒，监襄阳军。至卓已莅镇，敦乃派遣郭舒，元帝征舒为右丞，敦留舒不遣，自是元帝亦未免疑敦，另引刁协刘隗为腹心，裁抑王氏权势。就是佐命功臣王茂弘，即导表字，见前。亦渐被冷淡。中书郎孔愉，谓：“王导忠贤，且有勋望，仍宜委任如初。”元帝竟出愉为司徒左长史。王导尚随势浮沈，没甚介怀，独王敦忿忿不平，上疏陈请道：
欲知元帝如何对于，下回再行申明。
表文既上，遂带领水陆各兵，解缆武昌。宣城内史沈充，本系王敦虎伥，还至吴兴客籍，招募徒众，起应王敦。敦至芜湖，命充为多数督，督护东吴诸军事，又上表罪行刁协，勒令加诛，建康大震。小子有诗叹道：
阅年为太兴四年，春季天变，日中有黑子，夏仲地动，终南山忽崩，时人目为不祥。元帝益恐王敦为乱，更命尚书仆射戴渊，为征西将军，出督司兖豫并雍冀六州军事，领司州刺史，镇守合肥。丹阳尹刘隗，为镇北将军，出督青徐幽平四州军事，领青州刺史，镇守淮阴。两人皆假节领兵，名为讨胡，实隐为防敦起见。且迁王导为司空，录尚书事，外尊内疏，统统机事，多不与议，但遥与刘隗密通敕奏，决定实施。隗实一干才，元帝亦太误信。敦探悉刘隗专政，即寄书与隗，略言：“足下近得圣眷，朝野共知，当今北虏未灭，中原鼎沸，敦欲与足劣等，戮力王室，共静海内，事如有成，帝祚永隆，不然今后有望了。”隗答信道：“鱼相忘于江湖，人相忘于道术，竭股肱之力，济以忠贞，便是戋戋素愿，愿与公各勉将来。”敦得答信，见他言外寄意，更加仇恨。复表陈：“古今忠臣，见疑君上，俱由幸臣交构而至。”这明显是批评刘隗。元帝益生疑忌，但因筹办未固，暂加敦羽葆鼓吹，借示皋牢。敦视刘隗刁协等人，均非己敌，惟豫州刺史祖逖，非常所惮。逖已清除河南，荡平群丑，方拟筹划河北，逐步进取，偏朝廷简派戴渊，来统豫州。逖因渊徒有浮名，不敷同事，心甚怏怏。且闻王敦与刁刘构隙，将致内哄，目睹是国度多难，势不能规复中原，因而感愤成疾，日重一日。临危时，尚营缮虎牢，命诸将筑垒，工未达成，魂已长辞。当时豫州分野，发明妖星，方士戴洋，谓祖豫州玄月当死，历阳人陈训，亦谓西北当折一大将，就是逖亦知自应星象，抱病长叹道：“我志平河北，乃天不佑国，偏欲杀我，我死另有何望呢？”长使豪杰泪满襟。已而果殁，享年五十有六。豫州士女，若丧考妣。谯梁百姓，多为立祠，有诏赠逖车骑将军，令逖弟约，代领州事。约无抚驭才，士卒离心。王敦得祖逖死耗，喜出望外，遂觉得天下无敌，决计发难。是时为太兴五年正月，元帝方改元永昌，颁诏大赦。那王敦发难的表文，接踵呈入，表云：
刘隗前在门下，邪佞奉承，谮毁忠良，迷惑圣听，遂居权宠，挠乱天机，威福自在，中外杜口。晋魏以来，未有此比。倾尽帑藏，以自资奉，大起事役，以扰士民。臣前求迎，诸将妻息，圣恩听许，而隗绝之，使全军之士，莫不愤懑。又徐州流人，辛苦经载，家计始立，隗悉驱逼，以实己府。当陛下践阼之始，进谒王官，本以非常之庆，使豫蒙荣分，而隗使更充征役，仍还是名，百姓哀愤，怨声盈路。臣备位宰辅，与国存亡，诚乏平勃济时之略，然自忘驽骀，志存社稷，岂可坐视成败，以亏圣美？事不获己，乃进军致讨。愿陛下深垂省察，速斩隗首，则众望餍服，皇祚复隆。隗首朝悬，诸军夕退。昔太甲不能遵明汤典，颠覆厥度，幸纳伊尹之勋，殷道复昌。汉武雄略，亦惑江充，至乃父子相屠，流血丹地，终能克悟，不失纲领。本日之事，有逾于此。忆昔陛下坐镇扬州，谦虚下士，优贤任能，宽以得众。故君子经心，小人毕力，如臣暗蔽，预奉徽猷，王业遂隆，维新克建，四海延颈，咸望承平。自从信隗以来，科罚不中，街谈巷议，皆云如吴之将亡，闻之惶惑，精魂飞散，不觉胸臆摧破，泣血横流。陛下适时祖宗之业，存神器之重，察臣前后所启，何如弃忽忠告，遂信奸佞，谁不痛心？愿出臣表，谘之朝臣。介石之讥，不俟整天，令诸军早还，不至虚扰，则四海安，社稷永固矣。擐甲待命，无任翘企！