“现下我已动手筹办开建‘开济’，只是我算了算，‘开济’若成，所费当很多于白银70万两。你给我留的根柢好，现下款项尚足用度，海关协饷那一块的银子也返还了，但恐‘开济’完工后，若户部拨款和日人赔款不到位，只怕要难觉得继了。”丁日昌想到沈葆桢和林义哲当年在任时所经历的风风雨雨和本身将来能够面对的经费困难，自嘲似的说道，“听闻鲲宇每于船政用度最难时，举家资觉得周济，我没有尊夫人经商的本领，届时少不得又要拿海关的那些个蛀虫开一开刀了。”
听到丁日昌的话，林义哲想起了丁日昌创办江南制造总局时曾迫不得已从海关贪墨之员那边榨了4万两银子作为创办经费的事，林义哲不由得悄悄好笑。
二人的第一次交集，是在天津教案期间。津案产生后，清廷谕示直隶总督曾国藩办理。但是法国方面狮子大开口，乃至案件拖延不决。清廷谕令丁日昌星速赴津，帮同办理。丁日昌于七月二十五日达到天津后，停止了深切调查，在同法国方面谈判时，丁日昌一再指出法国驻天津领事丰大业开枪导致民情激愤，要求法国方面拘系丰大业定罪；至于焚毁教堂等修建及误伤无辜，亦属事出有因，除严办动手之人外，损毁修建由总理衙门与各国协商赔款，误伤者后事由大清帮手办理。法国公使等在确实的人证物证面前，无可何如，法国天子拿破仑三世得知后命令拘系了丰大业。天津教案厥后在林义哲的暗中调停下得以顺利处理，而在教案谈判期间，曾国藩心力交瘁，都是由丁日昌出面谈判，教案的处理，丁日昌实在也是出了很多力的。
咸丰八年春，丁日昌以得救潮州有功，由惠潮嘉兵备道李璋煜荐举，任广东琼州府儒学训导，次年十月擢拔为江西万安县令。踏上了官吏生涯。丁日昌到任万安后，见“流民比人众，关吏校官尊”，经济冷落。社会混乱，即克意兴革。起首，他鼎新衙门办事轨制，差役办差，一概由官给盘川，不得向百姓讹诈分文。接着，他行文打消处所乡绅恶霸私设的关卡，凡不遵者，从严查处。其三，他敏捷清理积案，安定冤狱。“初期呈词及百纸，3、四期仅4、五十纸，匝月后，2、三十纸罢了。”时载丁日昌“每当夜阑秉烛，案牍高可隐人，靡不亲身考核。每阅至百姓枉屈不伸，或受差虐待，辄欷欷慨气，凄然泪下，或见勤政爱民之事，则呼幕僚共赏。”丁日昌还捐俸兴建云兴书院，努力培养本地人才。书院建成后，丁日昌题楹联云：“何尝饱听滩声，帐此别仓促，笔底波澜谁健起；安得便瞻厦庇，觉余怀耿耿，面前桃李几成荫。”如此不到半年，万安县官司大减，民气以苏，读书之风渐长。丁日昌亦由此深受万安公众推许，当其调离万安时，“奉香拥送者亿万人。”
清咸丰四年（1854），海阳三合会会首吴忠恕率众围攻潮州府城，当时丰顺附属潮州，丁日昌为邑绅所推，率乡勇千人往援，与吴忠恕军苦战于潮州城下，擒获吴军百余人。余众败退，城围顿解。丁日昌由此而名声大噪，奠定了其今后退隐的根本。
同治六年夏秋之交，江苏境内风雨高文，净水河大水滚滚滚滚，冲决了堤坝。淹没了大量田庄。时丁日昌在两淮盐运使任上，受江苏巡抚李鸿章委任前去管理。沿途只见生灵涂炭，哀鸿遍野。丁日昌心急如焚，行装甫卸即率各级官吏督修堤坝，并亲身担石填堤。但是，在湍急的大水中，投下的石块泥沙多被冲走，见效甚微。丁日昌眉头舒展。苦苦思考，想到一法，叫人砍来多量青竹，编成一个个肚大口小的箩筐，然后将沙石装入此中，再加投掷。此举公然见效，不旬白天。堵住了决口。而后，丁日昌督率民役，日夜奋战，筑起了坚毅的堤坝。厥后。本地大众称这道堤为“丁公堤”，记念丁日昌的功劳。