为了支撑天下的军事行动，在台湾开辟立下大功的朱大典被调回，任命为两江总督，卖力全部江南地区及江西、河南的军政事件，兼理粮饷和两淮盐政。跟从他返回本地的，另有台湾开荒历练出来的一万多屯丁。朱大典接到的指令，是对江南这个富庶之地停止清丈隐田，一劳永逸地处理明末财务题目，实现赋役均平。
琼水兵成了将军府直属军队，将驻地移到了天津卫，并且持续扩大，达到了八万人，并保持了将近五万人的预备役军队。因为大将军府决定此后的对外战役都交给琼水兵承担，以是几大边镇的军队，除了关宁军是遵循琼水兵的体例改编外，其他边镇都停止了兵员清理，裁撤冗员、减少空饷名额，缩减了军队范围，据实拨付粮饷，必然程度上减轻了中心财务承担。
有了充沛的粮饷作为支撑，西北的军事行动非常顺利。面对前后击败过两任“闯王”的琼水兵，不管是张献忠、罗汝才还是老回回，大小流寇权势都是望风而逃，不敢正面决斗。大将军府制定的剿寇战略是“步步为营”，每打下一个处所，就建立屯堡，收拢流民规复耕作，同时用军事化手腕办理流民，构成了近似卫所的屯丁。如许既制止了流民因为食不充饥重新被裹挟反叛，又稳固了本地的防务。即便流寇杀个回马枪，重新流窜返来，在武装起来的屯丁面前也占不到便宜，并且很快会遭到闻讯而来的正规军打击。
永历天子担当大统后，公布圣旨，在都城修建“征虏大将军府”，规定天下军事和严峻政治决定都要通过大将军的决定才气实施。永历元年以后，大将军府成了明王朝实际上的权力中间，与日本的幕府有异曲同工之妙。夏天南通过这类“战役演变”的体例把握了大权，却没有引发天下太大的反弹。
满清统治阶层的冲突在劲敌的步步紧逼下发作了，本来对皇太极的强势本就不满的旗主们开端了内哄，战还是和的挑选让贵族们分红了两派。内忧内乱之下，皇太极身材垮了，沉痾不起，在雄师围城的第十五天死在病榻上。多尔衮临危受命，成了临时的魁首。
颠末令人堵塞的会商后，终究满清统治者挑选了乞降，并且承诺了夏天南提出的屈辱性的前提：1、向大明投降，满清的地盘回归大明版图，2、消弭旗丁武装，包含打猎的东西在内，铁器要同一登记备案，坦白兵器者重罪，并实施连坐；3、每年遴选身材安康的年青女子迁入关内，关外各旗各牛录，每户不管几兄弟，只能有一人有资格娶妻。
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停止住满清的南下后，夏天南腾脱手来清算海内局面。扩编后的第二军和第全军总计五万多人挺进西北，第一军则留在北直隶作为保卫都城的卫戍军队。五省总督洪承畴成了剿寇总参谋，卖力调剂原有的官兵帮手琼水兵作战。
疆场挑选的主动权把握在夏天南手中，在过了山海关一起推动并击败了满清的几支偏师以后，皇太极带领八旗精锐，加上蒙古、朝鲜等仆参军总计三十余万人，与北伐雄师停止决斗。决斗的地点很奥妙，恰是大凌河——这个曾让明朝完整走向灭亡的转折性战役的地点地。
因为荷兰东印度公司的屈就、西班牙权势的阑珊，南面海疆没有了强大的敌手，水兵仅在琼州保持了一支常备舰队守住南海流派，其他战舰都调到了渤海湾，共同扩编后的陆战队，以旅顺口、皮岛为据点，以登莱为火线基地，把握了辽南半岛的节制权，保持对满清的压力。面对辽南能够威胁火线腹心之地的“钉子”，以及重新改编后更具进犯性的关宁军，皇太极不敢轻举妄动，接下来的两三年都不敢策动大范围的军事进犯，几次对宁锦防地和辽南的摸干脆打击都被轻而易举化解。以往那种绕太长城，在本地如入无人之境的征象一去不复返。