遂引李肃将兵出敌。肃抢先迎战，正与牛辅相遇，大杀一阵。牛辅抵敌不过，败阵而去。不想是夜二更，牛辅乘肃不备，竟来劫寨。肃军乱窜，败走三十余里，折军大半，来见吕布，布大怒曰：“汝何挫吾锐气！”遂斩李肃，悬头军门。次日吕布进兵与牛辅对敌。量牛辅如何敌得吕布，仍复大败而走。是夜牛辅唤亲信人胡赤儿商讨曰：“吕布勇猛，万不能敌；不如瞒了李傕等四人，埋没金珠，与亲随三五人弃军而去。”胡赤儿应允。是夜清算金珠，弃营而走，随行者三四人。将渡一河，赤儿欲谋取金珠，竟杀死牛辅，将头来献吕布。布问起情由，从人出首：“胡赤儿行刺牛辅，夺其金宝。”布怒，即将赤儿诛杀。领军进步，正迎着李傕军马。吕布不等他布阵，便挺戟跃马，麾军直冲过来。傕军不能抵当，退走五十余里，依山下寨，请郭汜、张济、樊稠共议，曰：“吕布虽勇，但是无谋，不敷为虑。我引军守住谷口，每日诱他厮杀，郭将军可领军抄击厥后，效彭越挠楚之法，鸣金进兵，擂鼓出兵。张、樊二公，却分兵两路，径取长安。彼首尾不能救应，必定大败。”众用其计。
正饮宴间，忽人报曰：“董卓暴尸于市，忽有一人伏其尸而大哭。”允怒曰：“董卓伏法，士民莫不称贺；此何人，独敢哭耶！”遂唤军人：“与吾擒来！”斯须擒至。众官见之，无不惶恐：本来那人不是别人，乃侍中蔡邕也，允叱曰：“董卓逆贼，本日伏法，国之大幸。汝为汉臣，乃不为国庆，反为贼哭，何也？”邕伏罪曰：“邕虽鄙人，亦知大义，岂肯背国而向卓？只因一时知遇之感，不觉为之一哭，自知罪大。愿公见原：倘得黥首刖足，使续成汉史，以赎其辜，邕之幸也。”众官惜邕之才，皆力救之。太傅马日磾亦密谓允曰：“伯喈绝代逸才，若使续成汉史，诚为盛事。且其孝行素著，若遽杀之，恐失人望。”允曰：“昔孝武不杀司马迁，后使作史，遂致谤书流于后代。方今国运陵夷，朝政庞杂，不成令佞臣执笔于幼主摆布，使吾等蒙其讪议也。”日磾无言而退，私谓众官曰：“王允其无后乎！善人，国之纪也；制作，国之典也。灭纪废典，岂能久乎？”当下王允不听马日磾之言，命将蔡邕下狱中缢死。一时士大夫闻者，尽为流涕。先人论蔡邕之哭董卓，固自不是；允之杀之，亦为已甚。有诗叹曰：“董卓擅权肆不仁，侍中何自竟亡身？当时诸葛隆中卧，安肯轻身事乱臣。”且说李傕、郭汜、张济、樊稠逃居陕西，令人至长安上表求赦。王允曰：“卓之放肆，皆此四人助之；今虽大赦天下，独不赦此四人。”使者回报李傕。傕曰：“求赦不得，各自逃生可也。”谋士贾诩曰：“诸君若弃军单行，则一亭长能缚君矣。不若诱集陕人并本部军马，杀入长安与董卓报仇。事济，奉朝廷以正天下；若其不堪，走亦未迟。”傕等然其说，遂流言于西凉州曰：“王允将欲洗荡此方之人矣！”众皆错愕。乃复扬言曰：“徒死无益，能从我反乎？”众皆愿从。因而聚众十余万，分作四路，杀奔长安来。
次日侵晨，董卓列举仪从入朝，忽见一道人，青袍白巾，手执长竿，上缚布一丈，两端各书一“口”字。卓问肃曰：“此道人何意？”肃曰：“乃心恙之人也。”呼将士驱去。卓进朝，群臣各具朝服，迎谒于道。李肃手执宝剑扶车而行。到北掖门，军兵尽挡在门外，独占御车二十余人同入。董卓遥见王允等各执宝剑立于殿门，惊问肃曰：“持剑是何意？”肃不该，推车直入。王允大喊曰：“反贼至此，军人安在？”两旁转出百余人，持戟挺槊刺之。卓衷甲不入，伤臂坠车，大喊曰：“吾儿奉先安在？”吕布从车后厉声出曰：“有诏讨贼！”一鼓直刺咽喉，李肃早割头在手。吕布左手持戟，右手怀中取诏，大喊曰：“奉诏讨贼臣董卓，其他不问！”将吏皆呼万岁。先人有诗叹董卓曰：“霸业成时为帝王，不成且作大族郎。谁知天意忘我曲，郿坞方成已灭亡。”