程知节再次昂首称谢，李世民从速把他扶了起来道：“五哥，太客气了，如许，我赐你见君不拜的权力。”
李世民然其言道：“五哥所言恰是老成持国之策，好！我们就这么办！等过一段时候政局稳定了，我就和五哥出去走一走。”
时候不长文武百官听到钟鼓声，就急仓促来了；有一名军士满面灰尘，他跪伏在地上从怀中拿出一封手札道：“报！启禀万岁；突厥颉利可汗突发20万雄师犯我边疆，他们偷袭泾州，泾州失守，郡守张德政就义，突厥雄师已经直奔高陵。”
朝廷调派谏议大夫王圭安抚崤山以东地区，答应他见机行事。王圭来到磁州的时候，碰到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前去都城。
接着李世民将李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被残暴殛毙，还在宗室的名册上删除他们的名字。
8月7日，李世民公布太子令：“六月四日玄武门之变之前与东宫和齐王府有连累的人、六月十七日之前与李瑗谋反有连累的人，一概不答应相互告密，对违背规定的人以诬告罪论处。”
秦王府诸将领还筹办将李建成和李元吉的一百多名亲信全数诛杀，并将他们的产业充公官府，程知节安慰李世民说：“罪孽都是两个首恶所犯，而他们已经伏法了，倘若还要连累他们的翅膀，恐怕要天下大乱啊！”
程知节赶紧道：“臣惶恐！请陛下收回成命，千万不要坏了端方。”李世民点头道：“好吧！现在我们没有上朝，五哥还是随便一点吧！”
10月26日李世民下达圣旨，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。
7月10日，李渊政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，刘弘基为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，论及政变的功绩，以长孙无忌和尉迟恭为第一，别离赐绢一万匹。
7月27日，李渊撤消了太子李世民兼任的天策大将府邸，为李世民即位做筹办。
长孙无垢亲身为夫君清算征袍，程知节道：“陛下此次去前敌，你筹办如何办？”
众文物一听全都吓了一跳，萧禹和封德蠡从速劝道：“陛下，我大唐方才稳定，实在不易在起兵器。突厥所求着，不过妇女与财务。我们能够许他些财务，换的颉利退兵。请陛下三思。”
尉迟敬德大喜道：“得令！”说着行了一礼，躬身出了大殿；李世民宣布散朝，让众将下去调集人马，他也回宫去做筹办。
“五哥，你太客气了。”李世民上前将他们扶住，道：“本日我才明白五哥为甚么不做这个天子，朝堂上吵得乱哄哄的，真是累人。”
7月31日，以秦王府护军刘弘基为左卫大将军，又以侯君集为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
同一天冯立和谢叔方都主动出来负罪。薛万彻躲起来今后，李世民多次让人明示他，因而他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于本身所事奉的人，是义士啊！”便赦免了他们。
程知节心中悄悄腹诽，不过心中却没有表示出来道：“陛下贤明神武，这些事情让我来做才是真的灾害，陛下倒是信手拈来，不费吹灰之力。”