期间，跟着外洋贸易的不竭繁华，月港已然成为了官方“私通”外洋、“私贩”番货的贸易商港而被明朝当局所正视。到正德年间，明王朝再次呈现了中衰迹象，直到嘉靖初期时，朱厚熜重新推行新政，政治及国力才一度有所规复。但因嘉靖末年，君臣冲突凸起，社会各种冲突萌发，本地倭患几次产生……
朱棣即位以后，武功昌隆，先是反击安南，后又亲身五入漠北攻打蒙古以绝后患。在武功上，则命令编写《永乐大典》，三年即成。永乐三年（1405年），朱棣调派寺人郑和为正使，王景弘为副使，率海员、官兵两万七千八百余人，乘“宝船”六十二艘，远航西洋。明朝舰队前后达到占城（今越南南部）、马来西亚的马六甲、印度尼西亚的爪哇、苏门答腊及锡兰等地，经印度西岸折回返国。
今后又于永乐五年至三十一年的二十多年间，前后七次出海远航，颠末三十多个国度，最远曾达非洲东岸、红海和伊斯兰教圣地麦加。这就是巨大的郑和下西洋。
嘉靖二十八年，有倭寇驾船扬航直抵月港安边馆，懦夫陈孔志授檄往援，乘巨舰首当其冲，横舰于海面阻击，最后被倭船火炮击中。倭寇也是以调转船头逃遁而去，月港倭患自此开端。
嘉靖三十年（1551年），柯乔先在月港搭盖巡海机构，取名“靖海馆”。靖海馆与安边馆隔江相望，同属一名通判管治，这位通判则需来往于九龙江上，行走两地停止管理。
1424年朱棣驾崩，由大儿子朱高炽继位，史称仁宗天子。朱高炽即位后，改年号洪熙，开端了一系列鼎新，这些鼎新都与朱棣在位时的政策手腕背道而驰。起首，朱高炽赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐放逐边疆的官员家眷，并答应他们返回原处，并规复一些大臣的官爵。其次，遵守明太祖朱元璋在位时“片板不得入海”的旨意，不但制止官方擅自出海，同时也制止官船出使东西洋。
燕王朱棣本就不平这个乳臭未干的小天子，在他的心中早也已经有了称帝之念。这时，作为幕僚的姚广孝给朱棣献策，建议以“清君侧”的名义，举“靖难”的灯号，带领八百府兵策动了汗青上闻名的“靖难之役”，一起势如破竹直到占据了南京。
嘉靖九年（1530年），巡抚都御使胡琏议移巡海道驻漳州府，在月港对岸的海沧（今厦门市海沧区）设立海防机构——安边馆，每年委任通判一员驻守，以弹压私运活动。
嘉靖二十七年（1548年），巡海道柯乔奏议设县治于月港。但因为月港海岸盘曲蜿蜒，港汊交叉一时未受倭患涉及，导致设县打算搁置。
1425年，在位仅一年的朱高炽病故，传位给朱瞻，史称明宣宗，改年号宣德。明宣宗在位的十年间至明英宗幼年即位，朝中有杨溥、杨士奇、杨荣主持政局，史称“三杨”。当时可谓是“海内清平，万邦来朝”。1442年后，寺人王振开端擅权，1449年产生震惊天下的土木堡之变。明英宗的弟弟景泰帝判定任用于谦击败瓦剌，获得北京保卫战的胜利。后又经历景泰、天顺两朝的运营规复，国力有所上升，到明朝中叶孝宗期间再次大治，此时政治腐败，民生安康，对外复立哈密等卫，汗青上称为“弘治复兴”。
嘉靖二十六年，佛郎机番船泊于浯屿水寨，巡海道柯乔、知府卢璧、龙溪知县林松出兵攻船，不克。时漳州、泉州辄往月港贸易，官军通贩更甚。总督闽浙都御史朱纨厉行海禁，捕获擅自出海通贩贩子九十余人，由巡海道柯乔、都司卢镗当场问斩。由此，佛郎机番船才不得以驶离福建本地。