燕以卫尉悦真为青州刺史，镇新城；光大夫卫驹为并州刺史，镇凡城。
侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军玄早受禅，阴撰九锡文及册命。以桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加桓修抚军大将军。胤，冲之孙也。丙子，册命玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。
乙卯，裕托以游猎，与无忌收合徒众，得百馀人。丙辰，诘旦，京口城开，无忌著传诏服，称敕使，居前，徒众随之齐入，即斩桓修以徇。修司马刁弘帅文武佐吏来赴，裕登城谓之曰：“郭江州已奉乘舆返正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，本日贼玄之首已当枭枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎？今来欲何为？”弘等信之，收众而退。
备德优迁徙之民，使之长复不役；民缘此迭相荫冒，或百室合户，或千丁共籍，以避课役。尚书韩讠卓请加隐核，备德从之，使讠卓巡行郡县，得荫户五万八千。
玄性苛细，好自矜伐。主者奏事，或一字不体，或片辞之谬，必加纠擿，以示聪明。尚书答诏误书“春蒷为”春菟，自左丞王纳之以下，凡所关署，皆被降黜。或手注直官，或自用令史，诏令纷繁，有司奉答不暇，而纪纲不治，奏案停积，不能知也。又性好游畋，或一日数出。搬家东宫，更缮宫室，土木并兴，督迫严促，朝野骚然，思乱者众。
玄上表请帅诸军扫平关、洛，既而讽朝廷下诏不准，乃云：“奉诏故止。”玄初欲饬装，先命作轻舸，载服玩、书画。或问其故，玄曰：“兵凶战危，脱有不测，当使轻而易运。”众皆笑之。
荆州刺史桓伟卒，大将军玄以桓修代之。处置中郎曹靖之说玄曰：“谦、修兄弟专据表里，权势太重。”玄乃以南郡相桓石康为荆州刺史。石康，豁之子也。
戊申，燕王熙尊燕主垂之贵嫔段氏为皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
玄以桓弘为青州刺史，镇广陵；刁逵为豫州刺史，镇历阳。弘，修之弟；逵，彝之子也。
辛亥，桓玄迁帝于寻阳。
是岁，魏主珪始命有司制冠服，以品秩为差。然法度草创，多不稽古。
何无忌潜诣裕，劝裕于山阴起兵讨桓玄。裕谋于土豪孔靖，靖曰：“山阴去都道远，发难难成；且玄未篡位，不如待其已篡，于京口图之。”裕从之，靖，愉之孙也。
癸丑，纳桓温神主于太庙。桓玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多得原放；有干舆乞者，时或恤之。其好行小惠如此。
刘裕破卢循于永嘉，追至晋安，屡破之，循浮海南走。
司隶校尉慕容达谋反，遣牙门皇璯帅众攻端门，殿中帅侯赤眉开门应之；中黄门孙进扶备德逾城匿于进舍。段宏等闻宫中有变，勒兵屯四门。备德入宫，诛赤眉等。达出走魏。
玄自即位，心常不自安。仲春，己丑朔，夜，涛水入石头，流杀人甚多，欢哗震天。玄闻之，惧，曰：“奴辈作矣！”
元兴三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。
秦遣使者梁构至张掖，蒙逊问曰：“秃发傉檀为公而身为侯，何也？”构曰：“傉檀凶狡，款诚未著，故朝廷以重爵浮名皋牢之。将军忠贯白日，当入赞帝室，岂能够不信相待也！圣朝爵必称功，如尹纬、姚晃，佐命之臣，齐难、徐洛，一时虎将，爵皆不过侯伯，将军何故先之乎！昔窦融殷勤固让，不欲居旧臣之右，不料将军忽有此问！”蒙逊曰：“朝廷何不即封张掖而更远封西海邪？”构曰：“张掖，将军已自有之，以是远授西海者，欲广大将军之国耳。”蒙逊悦，乃受命。