刘裕破卢循于永嘉，追至晋安，屡破之，循浮海南走。
晋纪三十五（起昭阳单阏，尽阏逢执徐，凡二年）
冬，十月，楚王玄上表请归藩，使帝作手诏固留之。又诈言钱塘临平湖开，江州甘露降，使百僚集贺，用为己受命之符。又之宿世皆有隐士，耻于己时独无，求得西朝隐士安宁皇甫谧六世孙希之，给其资用，使隐居山林；征为著作郎，使希之固辞不就，然后下诏旌礼，号曰高士。时人谓之“充隐。”又欲废钱用谷、帛及复肉刑，制作纷繁，志无必然，变动答复，卒无所实施。性复贪鄙，人士有法书、好画及佳园宅，必假蒲博而取之；尤爱珠玉，何尝离手。
元兴三年甲辰，公元四零四年春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，乔之曾孙也。玄以其祖彝以上名位不显，不复追尊立庙。散骑常侍徐广曰：“敬其父则子悦，请依故事立七庙。”玄曰：“礼，太祖东向，左昭右穆。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足法也！”秘书监卞承之谓广曰：“若宗庙之祭果不及祖，有以知楚德之不长矣。”广，邈之弟也。
何无忌夜于屏风里草檄文，其母，刘牢之姊也，登榆密窥之，泣曰：“吾不及东海吕母明矣。汝能如此，吾复何恨！”问所与同谋者，曰：“刘裕。”母尤喜，因为言玄必败，发难必成之理以劝之。
是岁，魏主珪始命有司制冠服，以品秩为差。然法度草创，多不稽古。
戊申，燕王熙尊燕主垂之贵嫔段氏为皇太后。段氏，熙之慈母也。己酉，立苻贵嫔为皇后，大赦。
桓谦私问彭城内史刘裕曰：“楚王勋德昌大，朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿觉得何如？”裕曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微小，民望久移，乘运禅代，有何不成？”谦喜曰：“卿谓之可便可耳。”
初，郭黴常言“代吕者王”，故其起兵，先推王详，后推王乞基；及隆东迁，王尚卒代之。黴从乞伏乾归降秦，觉得灭秦者晋也，遂来奔，秦人追得，杀之。
辛亥，桓玄迁帝于寻阳。
元兴二年癸卯，公元四零三年春，正月，卢循使司马徐道覆寇东阳；仲春，辛丑，建武将军刘裕击破之。道覆，循之姊夫也。
南燕主备德故吏赵融自长安来，始得母兄凶问，备德号恸吐血，因此寝疾。
高雅之表南燕主备德请伐桓玄曰：“纵未能廓清吴、会，亦可收江北之地。”中书侍郎韩范亦上疏曰：“今晋室衰乱，江、淮南北，户口无几，兵马单弱。重以桓玄悖逆，高低离心；以陛下神武，发步骑一万临之，彼必土崩崩溃，兵不留行矣。得而有之，秦、魏不敷敌也。拓地定功，正在本日。失时不取，彼之豪杰诛灭桓玄，更修德政，岂惟建康不成得，江北亦有望矣。”备德曰：“朕以旧邦淹没，欲先定中原，乃平荡荆、扬，故未南征耳。其驻公卿议之。”因讲武城西，步兵三十七万人，骑五万三千匹，车万七千乘。公卿皆觉得玄新得志，未可图，乃止。
诏楚王玄行天子礼乐，妃为王后，世子为太子。丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之。宝，晞之曾孙也。庚辰，帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。壬午，帝出居永安宫。癸未，迁太庆神主于琅邪国，穆章何皇后及琅邪王德文皆徙居司徒府。百官诣姑孰劝进。十仲春，庚寅朔，玄筑坛于九井山北，壬辰，即天子位。册文多非溥晋室，或谏之，玄曰：“揖让之文，正可陈之于下民耳，岂可欺上帝乎！”大赦，改元永始。以南康之平固县封帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王遵为彭泽县候。追尊文温为宣武天子，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封子昻为豫章王。以会稽内史王愉为尚书仆射，愉子相国左长史绥为中书令。绥，桓氏之甥也。戊戌，玄入建康宫，登御坐，而床忽陷，群下失容。殷仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。梁王珍之男臣孔朴奉珍之奔寿阳。珍之，晞之曾孙也。