仲春，丙戌，置瑶池都督府，隶安西都护；戊子，以左卫将军阿史那贺鲁为瑶池都督。
司空梁文昭公房玄龄留守京师，疾笃，上微赴玉华宫，肩舆入殿，至御座侧乃下，相对流涕，因留宫下，闻其小愈则喜形于色，减轻则忧悴。玄龄谓诸子曰：“吾受主上厚恩，今天下无事，唯东征未已，群臣莫敢谏，吾知而不言，死有馀责。”乃上表谏，觉得：“老子》曰：‘满足不辱，知止不殆。’陛下功名威德亦可足矣，拓地开疆亦可止矣。且陛下每决一重囚，必令三覆五奏，进素膳，止音乐者，重性命也。今驱无罪之士卒，委之锋刃之下，使肝脑涂地，独不敷愍乎！向使高丽违失臣节，诛之可也；扰乱百姓，灭之可也；他日能为中国患，除之可也。今无此三条而坐烦中国，内为前代雪耻，外为新罗报仇，难道所存者小，所损者太乎！愿陛下许高丽改过，焚陵波之船，罢应募之众，天然华、夷庆赖，远肃迩安。臣朝夕上天，傥蒙录此哀鸣，死且不朽！”玄龄之遗爱尚上女高阳公主，上谓公主曰：“彼病笃如此，尚能忧我国度。”上自临视，握手与诀，悲不自胜。癸卯，薨。
夏，四月，乙亥，上行幸翠微宫。
癸未，新罗相金春秋及其子文王入见。春秋，真德之弟也。上以春秋为特进，文王为左武卫将军。春秋请改章从射中国，内出冬服赐之。
龟兹王布失毕既败，走保都城，阿史那社尔进军逼之，布失毕轻骑西走。社尔拔其城，使安西都护郭孝恪守之。沙州刺史苏海政、尚辇奉御薛万备帅精骑追布失毕，行六百里，布失毕窘急，保拨换城，社尔进军攻之四旬，闰月，丁丑，拔之，擒布失毕及羯猎颠。那利脱身走，潜引西突厥之众并其国兵万馀人，攻击孝恪。孝恪营于城外，龟兹人或告之，孝恪不觉得意。那利奄至，孝恪帅所部千馀人将入城，那利之众已登城矣。城中降胡与之呼应，共击孝恪，矢刃如雨。孝恪不能敌，将复出，死于西门。城中大扰，仓部郎中崔义超募集得二百人，卫军资财物，与龟兹战于城中，曹继叔、韩威亦营于城外，自城西北隅击之。那利经宿乃退，斩首三千馀级，城中始定。后旬馀日，那利复引山北龟兹万馀人趣都城，继叔逆击，大破之，斩首八千级。那利单骑走，龟兹人执之，以诣军门。
冬，十月，癸丑，车驾还京师。
乙亥，上问大理卿唐临系囚之数，对曰：“见囚五十馀人，唯二人应死。”上悦。上尝录系囚，前卿所处者多号呼称冤，临所处者独无言。上怪，问其故。囚曰：“唐卿所处，本自无冤。”上感喟很久，曰：“治狱者不当如是邪！”
戊寅，以昆丘道行军总管、左骁卫将军阿史那贺鲁为泥伏沙钵罗叶护，赐以鼓纛，使招讨西突厥之未服者。
六月，甲戌朔，高宗即位，赦天下。
太宗文武大圣大广孝天子下之下
上密问太史令李淳风：“秘记》所云，信有之乎？”对曰：“臣仰稽天象，俯察历数，其人已在陛下宫中，为支属，自今不过三十年，当王天下，杀唐子孙殆尽，其兆既成矣。”上曰：“疑似者尽杀之，何如？”对曰：“天之所命，人不能违也。王者不死，徒多杀无辜。且自今以往三十年，其人已老，庶几很有慈心，为祸或浅。今借使得而杀之，天或生壮者肆其怨毒，恐陛下子孙，无遗类矣。”上乃止。
先是，太宗二名，令天下不连言者勿避；至是，始改官名犯先帝讳者。
贞观二十三年己酉，公元六四九年春，正月，辛亥，龟兹王布失毕及其相那利等至京师，上责让而释之，以布失毕为左武卫中郎将。