秋，七月，命御史往高州追长孙恩，象州追柳奭，振州追韩瑗，并桎梏诣京师，仍命州县簿录其家。恩，无忌之族弟也。
显庆四年己未，公元六五九年春，仲春，乙丑，免临官。
初，龟兹王布失毕妻阿史那氏与其相那利私通，布失毕不能禁，由是君臣猜阻，各有党与，互来告难。上两召之，既至，囚那利，遣左领军郎将雷文成送布失毕返国。至龟兹东境泥师城，龟兹大将羯猎颠发众拒之，仍遣使降于西突厥沙钵罗可汗。布失毕据城自守，不敢进。诏左屯卫大将军杨胄出兵讨之。会布失毕病卒，胄与羯猎颠战，大破之，擒羯猎颠及其党，尽诛之，乃以其地为龟兹都督府。戊申，立布失毕之子素稽为龟兹王兼都督。
阿史那贺鲁既被擒，谓萧嗣业曰：“我本亡虏，为先帝所存，先帝遇我厚而我负之，本日之败，天所怒也。吾闻中国刑人必于市，愿刑我于昭陵之前以谢先帝。”上闻而怜之。贺鲁至京师，甲午，献于昭陵。敕免其死，分其种落为六都督府，其所役属诸国皆置州府，西尽波斯，并隶安西都护府。贺鲁寻死，葬于颉利墓侧。
三月，壬午，西突厥兴昔亡可汗与真珠叶护战于双河，斩真珠叶护。
初，太宗命高士廉等修《氏族志》，起落去取，时称允当。至是，许敬宗等以其书不叙武氏本望，奏请改之，乃命礼部郎中礼志约等比类起落，今后族为第一等，其馀悉以仕唐官品高低为准，凡九等。因而士卒以军功致位五品，豫士流，时人谓之“勋格”。
十一月，丙午，以许圉师为散骑常侍、检校侍中。
中书令李义府有宠于上，诸子孩抱者并列清贵。而义府贪冒无厌，母、妻及诸子、半子，卖官鬻狱，其门如市，多树朋党，倾动朝野。中书令杜正伦每以先进自处，义府恃恩，不为之下，由是有隙，与义府讼于上前。上以大臣反面，两责之。十一月，乙酉，贬正伦横州刺史，义府普州刺史。正伦寻卒于横州。
敬宗又奏：“无忌谋逆，由褚遂良、柳奭、韩瑗构扇而成；奭仍潜通宫掖，谋行鸩毒，于志宁亦党附无忌。”因而诏追削遂良官爵，除奭、瑗名，免志宁官。遣使发道次兵援送无忌诣黔州。无忌子秘书监驸马都尉冲等皆除名，流岭表。遂良子彦甫、彦冲流爱州，于道杀之。益州长史高实施累贬洪州都督。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵将兵攻高丽之赤烽镇，拔之，斩首四百馀级，捕虏百馀人。高丽遣其大将豆方娄帅众三万拒之，名振以契丹逆击，大破之，斩首二千五百级。
以卢承庆同中书门下三品。
壬寅，命李勣、许敬宗、辛茂将与任雅相、卢承庆更共查考无忌事。许敬宗又遣中书舍人袁公瑜等诣黔州，再鞫无忌反状，至则逼无忌令自缢。诏柳奭、韩瑗所至斩决。使者杀柳奭于象州。韩瑗已死，发验而还。籍没三家，远亲皆流岭南为奴婢。常州刺史长孙祥坐与无忌黄历，处绞。长孙恩流檀州。
八月，壬子，以普州刺史李义府兼吏部尚书、同中书门下三品。义府既贵，自言本出赵郡，与诸李叙昭穆；恶棍之徒藉其权势，拜伏为兄叔者甚众。给事中李崇德初与同谱，及义府出为普州，即除之。义府闻而衔之，及复为相，令人诬构其罪，下狱，他杀。
凉州刺史赵持满，多力善射，喜任侠，其从母为韩瑗妻，其舅驸马都尉长孙铨，无忌之族弟也，铨坐无忌，流巂州。许敬宗恐持满作难，诬云无忌同反，驿召至京师，下狱，讯掠备至，终无异辞，曰：“身可杀也，辞不成更！”吏无如之何，乃代为狱辞结奏。戊戌，诛之，尸于城西，亲戚莫敢视。朋友王方翼叹曰：“栾布哭彭越，义也；文王葬枯骨，仁也。下不失义，上不失仁，不亦可乎！”乃收而葬之。上闻之，不罪也。方翼，废后之从祖兄也。长孙铨至流所，县令希旨杖杀之。