上因而减省椒房、掖廷用度，服御、舆驾所发诸官署及所造作，遗赐娘家、群臣妾，皆如竟宁之前故事。皇后上疏自陈，觉得：“时世异制，是非相补，不出汉制罢了，纤微之间一定可同。若竟宁前与黄龙前，岂相放哉！家吏不晓，今壹受诏如此，且使妾摇手不得。设妾欲作某屏风张于某所，曰：‘故事无有。’或不能得，则必绳妾以圣旨矣。此诚不成行，唯陛下省察！故事，以特牛祠大父母，戴侯、敬侯皆得蒙恩以太牢祠，今当率仍旧事，唯陛下哀之！今吏甫受诏读记，直豫言使后知之，非可复若私府有所取也。其萌牙以是约制妾者，恐失人理。唯陛下深察焉！”上因而采谷永、刘向所言灾异咎验皆在后宫之意以报之，且曰：“吏拘于法，亦安足过！盖矫枉者过直，古今同之。且财币之省，特牛之祠，其于皇后，以是扶助德美，为华宠也。咎根不除，灾变相袭，祖宗且不血食，何戴侯也！传不云乎：‘以约失之者鲜’，审皇后欲从其奢与？朕亦当法孝武天子也。如此，则甘泉、建章可答复矣。孝文天子，朕之师也。皇太后，皇后成法也。借使太后在彼时不如职，今见亲厚，又恶能够逾乎！皇后其刻心秉德，谦约为右，垂则列妾，使有法焉！”
秋，关内大雨四十馀日。京师民相惊，言大水至；百姓驰驱相践踏，老弱号呼，长安中大乱。天子亲御前殿，召公卿议。大将军凤觉得：“太后与上及后宫可御船，令吏民上长安城以避水。”君臣皆从凤议。左将军王商独曰：“自古无道之国，水犹不冒城郭；今政治战役，世无兵革，高低相安，何因当有大水一日暴至，此必讹言也！不宜令上城，重惊百姓。”上乃止。有顷，长安中稍定；问之，果讹言。上因而美壮商之恪守，数称其议；而凤大惭，自恨讲错。
张谭坐推举不实，免。冬，十月，光禄大夫尹忠为御史大夫。
南山群盗傰宗等数百报酬吏民害。诏出兵千人逐捕，岁馀不能禽。或说大将军凤，以“贼数百人在都门，讨不能得，难以示四夷；独选贤京兆尹乃可。”因而凤荐故高陵令王尊，征为谏大夫，守京辅都尉，行京兆尹事。旬月间，盗贼清；后拜为京兆尹。
给事中平陵平当上言：“太上皇，汉之鼻祖，废其寝庙园，非是。”上亦以无继嗣，遂纳当言。秋，玄月，复太上皇寝庙园。
建始四年壬辰，公元前二九年春，正月，癸卯，陨石于亳四，陨于肥累二。
丙午，立皇后许氏。后，车骑将军嘉之女也。元帝伤母恭哀后居位日浅而遭霍氏之辜，故选嘉女以配太子。
石显迁长信中太仆，秩中二千石。显既失倚，离权，因而丞相、御史条奏显旧恶；及其党牢梁、陈顺皆免官，显与老婆徙归故郡，忧懑不食，道死。诸所交结以显为官者，皆废罢；少府五鹿充宗左迁玄菟太守，御史中丞伊嘉为雁门都尉。司隶校尉涿郡王尊劾奏：“丞相衡、御史大夫谭，知显等颛权擅势，高文威福，为海内患害，不以时白奏行罚，而恭维曲从，附下罔上，怀邪迷国，无大臣辅政之义，皆不道！在赦令前。赦后，衡、谭举奏显，不自陈不忠之罪，而反扬著先帝任用颠覆之徒，妄言‘百官畏之，甚于主上’；卑君尊臣，非所宜称，失大臣体！”因而衡渐惧，免冠赔罪，上丞相、侯印绶。天子以新即位，重伤大臣，乃左迁尊为高陵令。然群下多是尊者。衡嘿嘿不自安，每有水旱，连乞骸骨让位。上辄以圣旨慰抚，不准。