闰月，乙巳，邓禹上大司徒、梁侯印绶；诏还梁侯印绶，觉得右将军。冯异与赤眉约期会战，使懦夫变服与赤眉同，伏于道侧。旦日，赤眉使万人攻异前部，异少出兵以救之；贼见势弱，遂悉众攻异，异乃纵兵大战。日昃，贼气衰，伏兵卒起，衣服相乱，赤眉不复辨认，众遂惊溃；追击，大破之于崤底，降男女八万人。帝降玺书劳异曰：“始虽垂翅回溪，终能奋翼渑池，可谓失之东隅，收之桑榆。方论功赏，以答大勋。”
王莽末，天下乱，临淮大尹河南侯霸独能保全其郡。帝征霸会寿春，拜尚书令。时朝廷无端典，又少旧臣，霸明习故事，收录遗文，条奏宿世善政法度，实施之。
帝自将征邓奉，至堵阳。奉逃归渦阳，董訢降。夏，四月，帝追奉至小长安，与战，大破之；奉肉袒因朱祜降。帝怜奉旧功臣，且衅起吴汉，欲全宥之。岑彭、耿弇谏曰：“邓奉背恩反逆，暴师经年，陛下既至，不知悔善，而亲在行陈，兵败乃降；若不诛奉，无以惩恶！”因而斩之。复朱祜位。
赤眉馀众东向宜阳。甲辰，帝亲勒六军，严阵以待之。赤眉忽遇雄师，惊震不知所谓，乃遣刘恭乞降曰：“盆子将百万众降陛下，何故待之？”帝曰：“待汝以不死耳！”丙午，盆子及丞相徐宣以下三十馀人肉袒降，上所得传国玺绶。积兵甲宜阳城西，与熊耳山齐。赤眉众尚十馀万人，帝令县厨皆赐食。明旦，大陈兵马临雒水，令盆子君臣列而观之。帝谓樊崇等曰：“得无悔降乎？朕今遣卿归营，勒兵鸣鼓相攻，决其胜负，不俗强相服也。”徐宣等叩首曰：“臣等出长安东京都，君臣计议，归命圣德。百姓可与胜利，难与图始，故不告众耳。本日得降，犹去虎口归慈母，诚欢诚喜，无所恨也！”帝曰：“卿所谓铁中铮铮，佣中佼佼者也。”戊申，还自宜阳。帝令樊崇等各与老婆居雒阳，赐之田宅。厥后樊崇、逢安反，诛；杨音、徐宣卒于乡里。帝怜盆子，觉得赵王郎中；后病失明，赐荥阳均输官地，使食其税毕生。刘恭为更始报仇，杀谢禄，自系狱；帝赦不诛。
仲春，丙午，大赦。
帝遣建义大将军朱祜、建威大将军耿弇、征虏将军祭遵、骁骑将军刘喜讨张丰于涿郡。祭遵先至，急攻丰；禽之。初，丰好方术，有羽士言丰当为天子，以五彩囊裹石系丰肘，云，“石中有玉玺”。丰信之，遂反。既执，当斩，犹曰：“肘石有玉玺。”傍报酬椎破之，丰乃知被诈，仰天叹曰：“当死无恨！”上诏耿弇进击彭宠。弇以父况与宠同功，又兄弟无在京师者，不敢独进，求诣雒阳。诏报曰：“将军举宗为国，服从尤著，何嫌何疑，而欲求征！”况闻之，更遣弇弟国入侍。时祭遵屯良乡，刘喜屯阳乡，彭宠引匈奴兵欲击之；耿况使其子舒袭破匈奴兵，斩两王，宠乃退走。
十一月，乙未，帝还自春陵。
世祖光武天子上之下
辛巳，立四亲庙于雒阳，祀父南顿君以上至春陵节候。
帝幸怀。
建武四年戊子，公元二八年正月，甲申，大赦。
帝谓太中大夫来歙曰：“今西州未附，子阳称帝，道里阻远，诸将方务关东，思西州方略，未知地点，何如？”歙曰：“臣尝与隗嚣相遇长安。其人始起，以汉为名。臣愿得奉威命，开以丹青之信，嚣必束手自归。则述自亡之势，不敷图也！”帝然之，始令歙使于嚣。嚣既有功于汉，又受邓禹爵署，其腹心议者多劝通使京师，嚣乃奉奏诣阙。帝报以殊礼，言称字，用敌国之仪，以是安慰之甚厚。