讲会即为在某场合准期停止的讲学活动，届时，各地学着堆积，会后便散去，是临时性的学术会商。因其有相互切磋、质疑答辩的长处，遭到读书人的大力追捧，有的更是不远千里参与。如王阳明的门徒徐阶就曾在灵济宫开讲，参与的官员、士人多达五千之众。
内阁为此也争辩不已，方从哲、孙如游同意严禁书院、，韩爌、刘一燝反对称‘官学陵夷，书院为辅，名流弦诵其间，而风教始著，应搀扶，以抖擞鼓励天下士气’。
朱由校嘴唇上扬，起家踱步到宝座之前，居高临下的说道，“明诏省直督抚、三司衙门及提学御史，将各地书院之房屋田土皆籍没入官，由吏部采选贤者通达之士出任山长，率教官生儒将常日所习经籍义理，躬身实际。在朝及在野曾任五品以上官员者，严禁到书院报告，违者除籍为民；不管朝野，凡有聚众讽议朝政者，杀无赦。”
终明一代，天下书院有大小1200余所，以江西（287所）、浙江（199所）、广东（156所）、河南（112所）为众，此中民办184所，占15%；官办（包含处所官、督抚、京官等）828所，占60%以上；别的另有家属书院等。
“书院标榜讲授明理，亦可算黉舍，为何不从？”
“……”世人皆沉默以对。
朱程理学至嘉靖，‘且数百年矣，诸廉洛之微言大义既绝，乃言理烂然，即孺子谙之’，与之相反，王阳明、湛若水各创的心学倒颇受推许。
官学传授朱程理学，按地区可分为两京的国子监（有太学，但文献中常混为一谈，存疑）、内书堂（教诲年幼内侍，属司礼监）、宗学（教诲宗室后辈，设在各地王府），处所又有府、州、县、卫、都司、土司等黉舍。别的，另有教诲孔、颜、孟、曾氏（曾氏为万历十五年所加）贤人子孙的四氏学。
书院凡是为官民请旨所创，财务（支出来自荒地、捐募地等学田支出）、人事、招生皆不归朝廷统领，他的昌隆与明中叶官学称为科举的附庸（正德以后，‘国粹之制渐堕，科举之弊孔炽，士大夫复倡讲学之法，而书院又因之以兴。’）以外，还与心学的传播密切相干。
刘一燝率先觉悟，“皇上，这难道梗阻言路？”
为遏止这类‘矫诬不学，率性自适’的不良士风，东林学派应时而生，他们抨击心学不务实学的空疏，企图重塑朱程理学，倡导实学。
世人相互示之以目，内心皆一个心机：立光庙为储离不开天下士人的援助，今上登极也离不开顾命大臣及东林杨涟及左光斗等人大力支撑，现在天子此举，不异于‘飞鸟尽，良弓藏’，有卸磨杀驴之嫌。
幸亏，朱由校多出几百年知识，晓得哪些学科该当鼓励，哪些该当遏止，不会形成学术不兴的征象。
出暖阁，内阁方从哲等人已在乾清宫外恭候多时，因为军机处和内阁分理军政，互不滋扰，以是孙承宗欲见机辞职。
这还是因为当下没有正式的表达民意的议政构造，书院便自但是然的代行权柄，以期制造言论，干与朝政。
朱由校也晓得书院山长官聘会有瞻秉公交面、滥竽充数、懒惰、内行指导熟行等弊端，但这相对于让读书人不法集会，肆意抨击朝政，危及皇权就显得没那么首要了。
垂垂的，这类讲会便跳出了学术范围、离开书院形制，靠近社会演讲，加上参与讲会的大儒不时退隐，居官论政，使得东林可遥制朝权、挟制边镇、把持处统统司，从奥妙重权到诉讼小事，无不干预。
东林书院的实学以时政为讲学课本，在讲习之余，招四方游士与相讲论，公议朝政得失，裁量人物。