本来，自《京报》创刊号中的《私开书院讲学=谋逆》一文广为传播以来，便持续发酵，会极门每天收到的在京官员及通政司转来的各地上书少则五六十，多则上百，堆集到现在已有上千封。其内容大同小异，都要求严惩撰文者钱象坤，称其祸乱朝纲，用心叵测，并要求停刊、严惩幕后教唆。
朱由校也晓得书院山长官聘会有瞻秉公交面、滥竽充数、懒惰、内行指导熟行等弊端，但这相对于让读书人不法集会，肆意抨击朝政，危及皇权就显得没那么首要了。
“朕信赖之辅臣可贵共聚一堂，就叶向高所请之事，先议一议吧。”
刘一燝、韩爌等在大殿细数书院的各种好处，将孙如游、方从哲问的几近哑口无言，朱由校看着他们唇枪激辩，不由莞尔。
社学即为朝廷‘为训童蒙’准官方创办的半官方性子的小学。如规定‘乡里凡三十五家皆立一社学，以生员、儒士为师，凡愿读书者，尽得预焉’。社学因是州府县学的预备黉舍，以是朝廷指正视，在成化年间杨继宗在嘉兴任知府时，更是规定‘官方后辈八岁不就学者，罚其父兄’。
朱由校深知，不管谁最后在朝，这类以政治为目标的讲会都将被制止，而科举鼎新、思惟的进步却非一蹴而就，以是要将书院辨别对待。
朱由校晓得他们为何而来，出言制止道，“本日所议之事干系严峻，孙徒弟留下帮朕参详参详。”
朱由校嘴唇上扬，起家踱步到宝座之前，居高临下的说道，“明诏省直督抚、三司衙门及提学御史，将各地书院之房屋田土皆籍没入官，由吏部采选贤者通达之士出任山长，率教官生儒将常日所习经籍义理，躬身实际。在朝及在野曾任五品以上官员者，严禁到书院报告，违者除籍为民；不管朝野，凡有聚众讽议朝政者，杀无赦。”
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正如叶向高疏中所言，科举的招考教诲使得读书人思惟监禁，只知追逐功名，使得教诲落空本来意义而成为科举的附庸，以是有识之士为挽救这一弊政而创建了书院。
刘一燝率先觉悟，“皇上，这难道梗阻言路？”
但什物都有两面性，因王湛心学的门徒对师说了解不一，相互纷争，更有甚者徒尚空谈，‘守仁倡知己为学者，久益敝…有以纵恣为天然者’，‘士之浮诞不逞’。
内阁为此也争辩不已，方从哲、孙如游同意严禁书院、，韩爌、刘一燝反对称‘官学陵夷，书院为辅，名流弦诵其间，而风教始著，应搀扶，以抖擞鼓励天下士气’。
终明一代，天下书院有大小1200余所，以江西（287所）、浙江（199所）、广东（156所）、河南（112所）为众，此中民办184所，占15%；官办（包含处所官、督抚、京官等）828所，占60%以上；别的另有家属书院等。
为遏止这类‘矫诬不学，率性自适’的不良士风，东林学派应时而生，他们抨击心学不务实学的空疏，企图重塑朱程理学，倡导实学。
叶向高在上书中称‘自国初设科罗才，虽取词翰，而学宫功令载在卧碑者，一本于德兴，至以明伦额其堂，其大指与三代同，而末流之弊，逐功利而迷本真，乃反甚于汉唐。圣贤以是教人之法具存于经，贤士大夫欲起而维之，不得不复修濂洛关闽之余业，书院讲会使好学之士可质疑答辩，令人知所自往，岂谓谋逆耶’。
明朝因‘科举必由黉舍’，科举轨制也很完美，故教诲遭到正视。黉舍遵循性子可分为官学、社学、私学和书院；按内容又分为儒学、武学（属兵部）、医学（属太病院）、阴阳学。