兵工署仍以俞大维担负署长。所属除署本部外，军器司、司长陈隐冀．1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机器、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
第一部该部于1937年8月20日建立．掌作战。大本营第一号训令规定该部直接指导火线勤务部.任命黄绍竑为部长.11月13日部长易徐永昌，王俊、张定璠前后于9月11日和11月18日任副部长.12月27日任命王鸿韶为该部办公厅主任,1938年1月该部和参谋本部归并编成军令部
军事委员会内设办公厅。1937年2月17日原主任朱培德病逝；3月6日徐永昌接任主任；1938年1月徐永昌调任军令部部长，贺耀组任主任；
该部所属总务厅、马政司等人事、职掌仍旧：
抗日战役初期百姓党大本营体系
1、国防最高集会
1937年7月抗日战役发作，9月8日军事委员会为整肃军纪，组建军法履行总监部，特派唐生智为总监；9月16日派谷正伦、王懋功为副监。
3、军令部
8、军事委员会委员长侍从室
第四部该部于1937年8月20日建立，掌国防经济：任命吴鼎昌为部长，何廉、黄季陆为副部长。1938年1月该部归并于经济部及有关各部。
第六部该部于1937年8月20日建立,掌公众练习。任命陈立夫为部长．张厉生、刘健群为副部长。11月16日该部并入中心构造、练习两部。
1937年7月抗日战役发作.8月20日，gmd当局为带领抗战，建立大本营：其权柄为率领陆海空军，及指导全民力求我中华民族之永久保存．和国度主权国土之完整，对于侵犯我主权国土与诡计毁灭我民族保存之敌国倭寇，决以武力处理之.大本营最高带领为大元帅．以蒋介石任之。设参谋总长、副参谋总长各1员，程潜为参谋总长，其权柄为批示大本位各部、帮助大元帅策划全局；白崇禧为副参谋总长，襄助参谋总长批示幕僚，达成全任务,并设立秘书厅、以张群为秘书长，陈布雷为副秘书长.
抗日战役开端后不久，军事委员会委员长侍从室随gm当局由南京撤迁武汉。1938年夏在武汉会战前夕，又由武汉撤至重庆.
1938年1月将原大本营第六部、军事委员会政训处、练习总监部政训处归并建立为政治部；1月任命陈诚为部长，2月正式建立。同时任命周恩来、黄琪翔为副部长，是年7月黄琪翔调任军训部副部长，张厉生接任副部长。