袁世凯因“戉戌政変”告发有功，李鸿章病逝后接了他的班。但他深知因戉戌政変，光绪帝是对他切齿悔恨的，究竟上光绪帝被软禁以后，何尝一刻忘怀袁世凱的叛卖。《庚子西狩丛谈》中记叙光绪离京逃往西安途中，每至一地，犹自“每与诸监坐地作玩耍，尤好过纸上画成大头、长身各式鬼形无数，仍拉杂扯碎之，偶然画成一龟，于背上填写项城（袁世凯）姓名，粘之壁间，先以小竹弓向之射击，既复取下剪碎之，令片片作胡蝶飞。盖其蓄恨于项城至深，几以觉得常课。”时价将死之际，他不言不语地含着泪水，仍不忘用手指在空中划了“斩袁”两字。袁世凯深知慈禧先于光绪帝而死，本身就有能够被杀头。故以进药为名，暗中下毒将光绪害死，是极有能够的。宣统帝溥仪在《我的前半生》里写道：“我还闻声一个叫李长安的老寺人提及光绪帝之死的疑案。照他说，光绪帝在死前一天还是好好的，只是用了一剂药就坏了，厥后才晓得这剂药是袁世凱令人送来的。”但是，阐发一下，固然袁世凯有作案的动机，却至今尚未发明有任何确实的证据。是以尚不能指认袁世凱是凶手。
就在宣布西太后临死前，我曾祖父瞥见一寺人端着一个盖碗从乐寿堂出来，出于职责，就问这个寺人端的是甚么，寺人答道：“是老佛爷赐给万岁爷的塌喇。”“塌喇”在满语中是酸奶的意义。那光阴绪被囚禁在中南海的瀛台，之前也从没传闻过他有甚么急症大病，隆裕皇后也始终在慈禧这边忙活。但送后不久，就由隆裕皇后的寺人小德张(张兰德)向太病院正堂宣布光绪天子驾崩了。接着这边屋里才哭了起来，表白太后已死，全部乐寿堂跟着哭成一片，在我曾祖父参与主持下停止哀礼。
近代的一些别史、小说和官方传闻、古怪古怪的猜想说法，在官方广为传播，乃至因循成习几成定论：“光绪天子是被下毒俄然灭亡的”。特别是一名名叫屈桂庭的清末名医，在他写的《诊治光绪天子秘记》一书中表露：“光绪三十四年（公元1908年）十月十八日最后一次给光绪帝诊病时，发明光绪帝本己逐步好转的病情却俄然恶化，在床上乱滚，大呼肚子痛。并且脸颊发暗，舌头又黑又黄，这不是他所得之病的应有症状，三天后就崩逝了”。加上《清室外记》一书亦曰：“天子宾天之景象及其抱病之由，外人无由详知……”更使光绪之死成了晚清汗青上一大疑案。
没有童年的欢乐，导致他从小就表情烦闷，精力不快，形成身材积弱，难以抵挡疾病的侵袭，留下了难以愈治的病根。天嘏在所著《满清别史》中称：人在幼年的时候，都遭到父母的庇护，照顾其出行，摒挡其饮食，体慰其寒暖，既使是孤儿，也会获得亲朋老友的照顾。只要光绪皇上无人敢靠近。……皇上每日三餐，其饭食稀有十种，摆满桌案，可离皇上稍远的饭食，多数已臭腐，接连数日不换。靠近皇上的饭食固然并未臭腐，可经多次加热，已不能适口。……载湉自十余岁后，虽为天子，可还不如一个孤儿，今后身患痼疾，便是因为少年时衣食不节形成的。虽为别史，可内容与恽毓鼎的《崇陵传信录》所述：“怀想先帝御宇不唯不久，幼而提携，长而禁制，终究损其天年。无母子之亲，无佳耦伯仲之爱，无臣下侍从宴游暇愉之乐。平世齐民之福，且有胜于一人之尊者。”大抵附近。申明光绪帝体弱多病之启事，实与自幼在慈禧太后淫威之下，失于保养顾问有关。