后，世民与建成元吉，日发反目。东西两宫到处有隔。三子如箭在弦，立破只一时罢了。
武德九年六月初七（公元626年7月5日），立秦王世民为太子，长孙氏为太子妃。长孙氏得封后，马上奏请高祖，摒摆布，请万妃宇文氏昭仪，以言家事。
后万妃更言：“若保秦王，则不如赐于东都。”
世民又诛建成元吉诸子，建成元吉毕生故后绝。
上深觉得然，遂召建成元吉见，道：“世民素不能饮，自今无得复夜饮！”
世民退出。
玄武门，建成元吉知事不察，急欲走，然世民已至，连唤数声后，元吉先取箭射之，因弦未满而不中。世民取弓，待射元吉，元吉惊逃至建成身后，世民箭已发，建成难逃，死时犹望元吉。
次日，万贵妃又携宇文昭仪着**诸氏会，以尹张二氏之事严加怒斥，其他与诸皇子私交者，皆股栗难行。是夜，高祖莫、孙、崔三嫔，与鲁、杨二秀士，宫妇张氏等，皆私至万氏宇文氏处哭求，只言未曾与宫外有私，仅图财帛等。万氏慈悯，宇文氏温厚，乃应之，不发其罪。
是年十月月朔丙辰日（公元626年10月26日），太宗下诏，追封太子皇兄建成为息王，谥号为隐，是为息隐王。
唯尹氏季子因受太子佳耦力荐得保存性命。
世民力排无忌异，收魏征。
是夜，尹张二氏皆再不见踪迹。
且亲与皇后长孙氏并劳，亲以皇礼重葬。
燕氏女丽容为贤妃，赐宫室。
武德四年（公元621年），上令，以燕宝寿之女燕氏为秦王朱紫。因秦王远征，王妃长孙氏代迎之。
四人定议，却不知宫北玄武门禁卫总领常何实为世民亲信。事露于世民知。世民仍不决，长孙无忌怒以其妹秦王妃与诸子之命斥之，道：“如你死，无忧何生？承乾、泰儿何如？燕氏何如？阴氏何如？宽儿诸后代更不待言！”
同年，太子建成阴有谋意，上知，怒囚于帐。后以元吉、尹德妃、张婕妤之同感其恩，多方劝戒，得轻罪之。
世民泣，请高祖务以此为念，道：“世民未成储，已然欲杀之。现在太白星现，兄长岂能容我？”
安葬那日，太宗在宜秋门大哭，悲哀难当。
不料父子之言，为张氏身边近侍得知，急报张氏。张氏大惊，乃召尹氏、元吉、建成密议，欲除世民而逼宫。
宫中哄传，高祖怒二妇**后内，暗害诸子。本欲昭告天下以车裂刀剐之刑杀之。然事关皇室，故纳太子妃长孙氏之言，着万贵妃宇文昭仪密除之，尸首弃于宫后。
武德三年（公元620年），秦王妃再生子泰。上悦之，着继卫王玄霸以后，世民称殊荣。
世民决意起事。
武德九年蒲月末，万妃因闻尹张二妃私藏贡品事，着贴身侍婢暗查尹氏张氏之宫中事，不料竟得其与太子建成欲谋世民之私信，与元吉**后内之物证。
世民大惊，适次月初太白星现，百官惶然，傅奕密报高祖，言之秦王当为继储。高祖乃召世民入，示之。
诸将感王妃豪情，誓除建成元吉。
高祖大惊，问之，世民始将尹张二妃与建成私通密议，欲杀己之事告之与高祖，又将元吉多年秽乱**之事一并揭露。高祖惊怒，言世民当早报。然终不忍思疑，道待问过万妃后，再做筹算。
另有其他诸妃，均得封赐。众妃佩服，皆今后长孙氏为表。
高祖准，太极殿中只留高祖、万氏、宇文氏、太子世民、太子妃长孙氏诸人，密议。
六月十二，高祖命宇文士及为太子詹事，长孙无忌杜如晦左庶子，高士廉房玄龄右庶子，同助太子世民。