袁世凯派人到鲁、苏、皖、豫等地招募2250名步兵，300名马队，再加上4750名定武军，称“新建陆军”，作为他小站练兵的兵源。袁世凯在小站练兵以德军为底本，制定了一整套近代陆军的招募轨制、构造体例轨制、军官任用和培养轨制、练习和教诲轨制、粮饷轨制等内容的建军计划。在军事设备上，袁世凯重视兵器设备的近代化和标准化，大胆采取西方的先进技术。夸大实施新法练习的严格性。这股军队厥后生长成为北洋六镇（北洋新军。为清末陆军主力，民国初年的北洋军阀亦多源自清末新军。袁世凯聘德军官十余人担负教习，又从天津武备书院中遴选百余名门生任各级军官，并援引和培植一批私家亲信，以加强对全军的节制。这些人今后多数成为清末民初的军政要人。如徐世昌、段祺瑞、冯国璋、王士珍、曹锟、张勋等。北洋新军亦逐步成为袁世凯小我的政治本钱，使其成为北洋军阀的鼻祖，正如美国粹者鲍威尔所说：“袁氏的军法虽严，他仍然为兵士所恋慕，这并非不测，因为他亲身看管他们，并且定时发饷。再者，他向他们灌输了虔诚的看法，不过首要只是向袁世凯而不是向天子尽忠。”
1884年金玉均等“野蛮党”人士策动甲申政变，试图颠覆“事大党”把持的政权，驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室；国王李熙派人奔赴清营乞助，袁世凯批示清军击退日军，维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。袁世凯安定了朝鲜甲申政变有严峻意义，打退了日本的渗入权势，粉碎了日本趁中法战役之际谋取朝鲜的诡计，推迟了中日战役发作的时候。袁世凯因这一事件遭到清直隶总督兼北洋大臣李鸿章的正视，同时也使日本人对袁世凯“憾之砭骨，百计排陷之”［15。他的同僚吴兆有等亦非常妒忌，进犯袁世凯“妄开边衅”、“擅挪军款”。袁世凯遂于1885年初返国，赋闲在家，以避进犯。但是李鸿章决定重用袁世凯，命袁世凯于1885年10月护送大院君回朝鲜，同年11月又封年仅26岁的袁世凯为“驻扎朝鲜总理谈判互市事件大臣”，位同三品道员，摆布朝鲜政局，仿佛朝鲜的太上皇。袁世凯在朝鲜期间的任务是在“各国互市”、“盟国环伺”的环境下，使朝鲜“明尊亲之义，定摇惑之志，内修政治，外联邦交”［16。换言之即强化清朝和朝鲜的宗藩干系，制止朝鲜独立自主的偏向和日俄等国的窥测。由此袁世凯不成制止地在干与朝鲜内政，乃至不止一次策划废黜朝鲜国王李熙。17］袁世凯干与朝鲜内政的做法引发了朝鲜国王和一些大臣的不满，清廷中也不竭有人弹劾他。比如1888年1月朝鲜国王李熙致函要求清廷撤袁世凯，随后朝鲜驻华官员金明圭奉李熙之命，要求李鸿章换人。清廷内的张謇、张佩纶等也曾进犯袁世凯“侈然高傲，虚骄尚气，久留朝鲜，于大局无益”。18］李鸿章力排众议，不但让袁世凯持续留朝任职，并于1890年2月给袁世凯写了“血性虔诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的考语。19］袁世凯在朝鲜的十二年固然因为其年青气盛而采纳一些过激、卤莽的手腕，但有效地停止了日本和沙俄对朝鲜的渗入。直到甲午年日本挑起战役前还曾经多次派人暗害袁世凯，只不过没有胜利。