玄月十四，前田利政攻陷小松城，石田三成赶往大阪向秀保讨情；
八月初，秀保自发天下已定，为制止重蹈德川幕府复辙，决定加强中心集权，前后公布《一城一国令》、《王土偿还令》和《推恩令》，史称“永宁三令”，筹办逐步减弱处所大名权力，实现中心集权；
十仲春八日，奉秀保之命，以心崇传和藤堂高虎制定《武家诸法度》以及《禁中并公家诸法度》，以束缚大名和公卿，这被后代以为是强化幕府权力的一项首要行动。
玄月十七，速水守久兵败被俘，小笠原忠清亲身押往伏见；傍晚，丰臣秀赖接管石田三成建议，开城投降，“菊节之变”停歇；
六月初八，服从菊姬建议，秀保以嫡五子河内利国担当大和丰臣氏，再度改名为羽柴利国，统称丰臣利国，担当中南大和三十四万石领地，居城郡山城，史称“郡山藩”
八月初，秀保以庶四子河内胜国担当纪伊大部三十三万石，居城大宫，史称“大宫藩”；
十月初，秀保继任左大臣，成为百官之首，石田三成等人顾忌之。
十仲春八日，丰臣秀赖挥刀砍伤茶茶，秀保前去大阪劝谏，秀赖向茶茶报歉，内心却仇恨秀保；当晚秀保于茶茶寝室过夜安慰（并无轻易之事），恰被小姓撞见，奉告秀赖，秀赖仇恨交集，打算刺杀秀保。
十一月二旬日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城驱逐丰臣军；秀保将佐土原藩支解为三家，并充公西大隅为天领，“丁巳之乱”停歇。
玄月二旬日，浅野长政病逝，秀保遣人前去记念，特免除浅野幸长三年参觐交代，幸长感激，以嫡子入侍秀保。
十月十三日，不满秀保政策的山形藩主最上义亲（兄弟冲突锋利）、仙台藩主伊达政宗（子嗣浩繁）以及佐土原藩主岛津忠恒（二者皆有）等十余家大名结合抵抗，并动员领内武备不吝与秀保一战，史称“丁巳之乱”；石田三成驰驱奉劝，乃至丰臣秀赖出马亦没有太大和缓；秀保对此早有筹办，他一方面变更军队主动备战，另一方面利诱大名家中的支撑者（如庶宗子和兄弟等），从内部分化反对权势；
玄月初九，秀保前去丰国神社拜见秀吉和秀长，巧遇秀赖，秀保奉告将从明国请神医为其医治眼疾，秀赖拜谢；
六月初，秀保以庶次子河内政国担当中南伊势三十五万七千石，居城津，史称“津藩”；
此言一出，全场哗然，虽有人不信，但书证俱在，小笠原忠清言之凿凿，且秀保气力强大无人能够撼动，无法之下。世人只好接管这一究竟，承认秀保为源氏栋梁；
三月二旬日，应秀保建议，大明决定加强对东北的节制，迁徙本地汉人往东北居住；而后十五年间，东北汉人飙升至五百万，萍踪遍及外兴安岭和库页岛；
十一月五日，伊达政宗次子翻开仙台城门，驱逐蒲生、宇都宫军进城，遵循《推恩令》及《王土偿还令》，秀保将仙台藩六十八万石分红五份，此中天领二十万石，政宗四子朋分残剩四十八万石；
七月十六，芳春院病逝。
元月二十五日，池田辉政病逝，嫡子池田利隆担当春日山藩四十一万石。
蒲月二十二，德川家康病逝，秀保命史官为其立传。因为感慨天下已定，战国期间完整闭幕，秀保奏请朝廷，来岁改年号为“永宁”，以祈责备国安宁；
庆长八年（1603年）
十一月三日，最上义亲兵败他杀，秀保以净水义清为最上氏家督，担当山形十五万石，仍称山形藩，四弟山野边义忠担当米泽周边十二万石，是为米泽藩，庄内、由利等领地归入天领，秀保派专人办理；