《一城一国令》要求除幕府特准外，在一国（指令制国或大名的藩）中，大名主城或居城只能保存一个，其他的城必须全数拔除。但是，当大名拥有多个令制国时，拥有的各令制国各准予保存一城，如毛利秀元坐拥安艺、备后两国，故除了主城广岛城外，备后福山城也准予保存。
十一月三日，最上义亲作为内应翻开城门，最上义康投降。检地后，最上氏石高达七十八万。
面对基督教的伸展，秀保决定进一步贯彻丰臣秀吉期间的《伴天连追放令》，摈除本国布羽士出境并且将布道与南蛮贸易峻厉辨别隔来，对信奉基督教的大名停止诸多限定，但愿他们放弃基督教信奉。
“永宁双令”的公布让安宁好久的天下复兴波澜，让秀保没想到的是，最早反对的竟是本身的亲家、山形藩主最上义康，他的兄弟最上义亲、净水义清、山野边义忠在最上义光病逝后就一向觊觎从他庞大的遗产平分一杯羹，幕府的这个政策，更是给了他们可乘之机。
《推恩令》则规定大名归天后，除嫡宗子担当家督外，其他嫡、庶子嗣也可分得所藩一部分地盘成为支藩，大名可对此停止申述，由幕府终究决计（究竟上只要少数谱代获准除外），支藩遵循《一城一国令》要求另觅平原处扶植居城，所需用度由主藩和支藩自行支出。后续藩政困难且主藩难以援助时，可向幕府申请上交封地进而获得优渥的报酬。
十一月二旬日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城驱逐幕府军，秀保将佐土原藩支解为三家，“庚申之乱”停歇。
永宁五年（1621年）仲春，前去和歌山觐见秀赖后不久，水户藩主石田三成便一病不起，即使驰名医诊治，却已是药石无医。
五子伊达宗纲担当登米、远田、志田三郡八万六千石，称佐沼藩；
对于参与停歇兵变的大名，秀保则向他们公布了《推恩另行状》，准予他们暂缓推恩一段时候，有充分时候提早消弭推恩的不稳定身分，同时秀保也口头承诺推恩时幕府会方向主藩，以和缓与强藩之间的冲突。
最上氏内部这么大的骚动，幕府明显不会坐视不管，专门调派使者赴出羽调查调和。
秀保其实在《一城一国令》公布时就对此早有筹办，他一方面变更军队主动备战，威慑不轨大名，另一方面利诱大名家中的支撑者（如庶子和兄弟等），从内部分化反对权势。
另有由利郡五万四千石归入御领。
“弹正（前年升任从四位下弹正大弼）存候心，当初承诺太阁和淀夫人的，我会做到的”。秀保慎重地点了点头道。
幕府商讨决定，勒令最上义康退隐，以义康嫡子最上义兴（秀保的半子）为家督，担当山形、最上两郡三十三万石，仍称山形藩；
虽说最上义光在《推恩令》公布六年前归天，但幕府规定，揭幕（即庆长八年）今后继任藩主的兄弟都可援引《推恩令》对起初继承环境提出申述，由幕府决定是否合用。
四子伊达宗泰担当加美、黑川、玉造十一万五千石，称岩出山藩；
“请务必搀扶右府成为关白！”石田三成气若游丝，吃力地用手支撑着身子，眼巴巴地望着秀保。
同时，从明国聘请高僧渡海传播佛法，进一步加强神佛习合力度，用以对抗和减弱基督教在日本的影响。
胆泽、江刺、气仙、本吉、桃生、牡鹿六郡十四万石被幕府归入御领。
次年三月，为加强中心集权，制止处所豪强做大，化解历代幕府前期都会呈现的不稳定身分，进一步保护统治，幕府公布《一城一国令》，各地大名根基履行后，幕府于永宁四年（1620年）又公布《推恩令》，史称“永宁双令”。