康熙十年(1671年)决定，御药房不再附属太病院，直接划归外务府，这是个较大的变动。御药房直接划归外务府后，其所需之药品，每月两次，按利用的种类、数量，则径向太病院传取。每三个月，缮折奏销一次。至于御药房配制药物所用的食品、树枝及器具等，则向有关司署传用。如所用红枣、胶枣、荔枝、龙眼等，行掌仪司(掌内庭礼乐之事，并考核寺品德级)；兔雀等，行都虞司(总管内府山泽之事)，等等。
金元期间编辑
清朝的太病院，轨制大抵以下：
机构及品服
官医提举司办理有关医户及差役有关诉官司宜。共设四所，别离位于多数、保定、彰德、东划一四路。各所均设有提举一人，同提举一人、副提举二人。在天下十路也各设一所。
王惟德，别名王唯一，是宋朝闻名针灸学家，曾任翰林医官、殿中省尚药奉御。天圣初年，受命编修针灸册本，他对古医书中有关针灸的记录和针灸图式详加订正，并对历代医家的针灸实际停止体系总结，于天圣四年(1026年)编成《铜人睮穴针灸图经》三卷。天圣七丰(1029年)由当局颁行天下，作为学习针灸及临证取穴的标准。他还设想并主持锻造明堂针灸铜人两具。铜人的躯体、脏腑可分可合，体表用金字标有针灸穴位称呼，穴孔处涂以黄蜡，内里是空的，可注水。如果按针灸分寸精确进针，内里的水，便可自孔穴流出，不然不能刺入。它是当时作为针灸讲授和测验大夫用的。
行御药局“掌行箧药饵”。内设达鲁花赤一人、大使二人、副使三人。
御药局“掌两都行箧药饵”。内设达鲁花赤一人、局使二人、副使二人。
供奉于内廷的医师或医疗机构，我国自古已有，但其职官设置及其体制，各朝之间互有异同。周官有医师上士、下士，掌医之政令。秦置太医令。西汉时太常、少府都有太医令。属太常者为百官治病，属少府者为宫廷治病。东汉、曹魏沿置。隋唐设太医署，其主管官员为太医署令。宋有医官院，金代始改名太病院，其长官为提点。元朝亦称太病院。明、清两朝因循。
太病院当代医疗机构称呼，是专为上层封建统治阶层办事的医政及医疗保健构造。太病院始设于金代，附属于宣徽院。太病院的最高长官是太病院提点（正五品），下设使，副使，判官等，“掌诸医药，总判院事。”别的，太病院中还设管勾主管医学教诲，另还设有各种称呼的太医和医官。
明朝太病院编辑
明清期间编辑
明朝宫廷除为天子办事的御药房外，还设有专为皇太子、后宫嫔妃和王府办事的医疗机构。
太病院下辖八个机构：
元朝太病院，秩正二品。开端时长官为宣差，后改成尚医监、太病院提点等。其行政附属于宣徽院，最高长官之下设院使、副使、判官等项目。元朝太病院掌管统统医药事件，官员品秩遍及高于任何朝代。
明、清期间正阳门(俗称前门)内的东交民巷(原名东江米巷)一带，曾是很多衙署的地点地。在这老百姓望而生畏的处所，有一个非常特别的机构，那就是为皇家治病的太病院。