起首是参与会审的两位马新贻亲信――江宁布政使孙衣言、营务处总办袁保庆（袁世凯的叔叔，后过继为其子）都回绝在奏结上具名“书诺”，也就是不承认审判的成果。
自始至终，能够说朝廷一向力主“刺马”案另有主使，并且不竭降旨以鞭策审判事情，前后插手审判的官员多达五十余人。
他这个时候才明白，本身的背景一死，湘军个人高低对于他的态度，本来马新贻在时，全部湘军个人对于他或者马新贻都是不冷不热的，现在更是冷眼相加，更谈不上共同查案了，而张文祥对他更是嗤之以鼻，也难怪他忿忿不平。
慈禧更是先一步获得动静，她当天下午即将曾国藩与李鸿章召到仪鸾殿筹议。慈禧太后坐在鸾座之上问道：“这事岂不甚奇？”曾国藩何样机灵？因为事涉本身原任的两江之地，曾国藩仓猝诚惶诚恐地答复：“这事很奇。”却不敢再说甚么。
“刺马案”之以是被列入清末四大奇案，一个是因为马新贻作为两江总督的初级宦海身份；另一个是因为这个案子背后埋没的庞大政治军事奥妙――朝野都以为曾国藩安定承平军攻陷天京后，收缴了洪秀全的全数金银，但所上缴朝廷的数额却非常少。
其次，钦差大臣郑敦谨审结出奏以后，不等朝廷答复，就仓促分开江宁；未及回京复命，就半途称病去官回家。按清制，钦差不回京复命是要受处罚的。而郑竟然置之不睬，不免令人惊奇。
而厥后在与郑敦谨共同审案的过程中，曾国藩又常常沉默寡言，极少发问。郑敦谨停止了将近半个月的审判后，曾国藩不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象之前那样奏结。曾国藩的悲观态度中有甚么样的隐情，耐人寻味。
后代史家，多持湘军“刺马”说。以为起码有以下三个来由，令湘军必“刺马”而后快：
接着召见过马新贻，升其为两江总督，以后马便在其密旨的受权下开端了对湘军的财务调查。就在马新贻即将把承平天国财产去处弄清楚的时候，“刺马”案俄然产生。
过后，湘军中人多有回籍购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报承平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭辩才怪。
比来的一件也只在唐朝元和十年的时候（公元815年），丞相武元衡在早朝时为盗所害。到现在已经一千多年了，目前身边又出此事，实在让朕深为骇异。”当即下旨：江宁将军魁玉同司道各官从速严讯，务得确情，尽法惩办。
马新贻在惩办散兵游勇时非常峻厉，特别是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总办，抓到为害百姓的散兵游勇即当场~正~法。散兵游勇对他恨之入骨。
马新贻被刺后，执掌朝政的慈禧太后和恭亲王明显看出了一些端倪，急调湘军老祖宗曾国藩回两江坐镇，以防局面变坏。但曾国藩态度却很奇特，两度上折称病请辞江督。
孙衣言更把质疑写到了马新贻的墓志铭上：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而背叛遗孽刺杀我大臣，非律统统，宜以经断用重典，使天下有所害怕，而狱已具且奏，衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之以是力图，亦岂独为公一人也哉？”直指供词不实，忿忿不满之情溢于言表。
但直到终究，也没有审出幕后主使，朝廷迫不得已接管了审判成果，只要以身后哀荣来安抚马家先人，上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤能祠，各国史传，并赐谥号“端愍”，意义是为官清正，死得可惜。