而厥后在与郑敦谨共同审案的过程中，曾国藩又常常沉默寡言，极少发问。郑敦谨停止了将近半个月的审判后，曾国藩不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象之前那样奏结。曾国藩的悲观态度中有甚么样的隐情，耐人寻味。
他在分开江宁之日，对曾国藩按宦海礼节致送的程仪（送别礼金）拒而不纳，如此不给面子的行动，是不是要表示对与曾国藩会审成果的不满？而郑去官后毕生不复退隐，又是甚么样的启事让贰心灰意冷？
比来的一件也只在唐朝元和十年的时候（公元815年），丞相武元衡在早朝时为盗所害。到现在已经一千多年了，目前身边又出此事，实在让朕深为骇异。”当即下旨：江宁将军魁玉同司道各官从速严讯，务得确情，尽法惩办。
如能调任江督，正可顺理成章离开这个里外不是人的难堪地步，而曾国藩竟想赖在天津不走，除非他以为，“刺马案”比“天津教案”更费事，更加难。
“刺马案”之以是被列入清末四大奇案，一个是因为马新贻作为两江总督的初级宦海身份；另一个是因为这个案子背后埋没的庞大政治军事奥妙――朝野都以为曾国藩安定承平军攻陷天京后，收缴了洪秀全的全数金银，但所上缴朝廷的数额却非常少。
八月初二动静传到北京，如同一颗炸弹在紫禁城内炸开。同治帝看完奏报，大惊道：“谋刺重臣的事情，此是千年第一案。
两江总督马新贻在大街上公开被刺杀，不但是让江宁各级的处所官慌了手脚，更让某些大人物也意想不到，这件事形成的影响太严峻了。
马新贻在惩办散兵游勇时非常峻厉，特别是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总办，抓到为害百姓的散兵游勇即当场~正~法。散兵游勇对他恨之入骨。
后慈禧太后又以五百里抓紧的上谕，指派漕运总督张之万（张之洞的哥哥）“驰赴江宁，会同熬审”同时调直隶总督曾国藩接任两江总督主审此案，12月再加派刑部尚书郑敦谨以软差大臣身份驰赴江宁复审。
清廷先命江宁将军魁玉会同两江“严讯”，“务将因何行刺启事及有无主使之人一一审出，据实奏闻”。魁玉等复奏：“凶犯……直认行刺不讳，而讯其行刺之由，尚属支离狡猾”。
固然曾国藩屡辞不获之下，又受了朝廷几顶夸他“老成慎重，前在江南多年，景象熟谙，措置皆宜”等高帽，不得不勉强到差，倒是一起迟延。到达江宁后，每天不过会客看书，也并不急着审案。
第3、有闻马新贻奉有慈禧太后密旨，要他清查承平天国宝藏下落。承平天国在天京运营十年，积聚金银财宝无数。清廷本希冀在霸占天京后，以这笔财产弥补历经十多年表里交战空虚已久的国库。
第1、湘军自186~4年攻陷承平天国都城“天京”（也就是江宁，今南京）后，就视两江为本身的地盘。但朝廷却不容湘军坐大，1868年把曾国藩由两江总督调任天子脚下的直隶总督，派不属湘军体系的马新贻继任，并落实裁撤湘军。
接着召见过马新贻，升其为两江总督，以后马便在其密旨的受权下开端了对湘军的财务调查。就在马新贻即将把承平天国财产去处弄清楚的时候，“刺马”案俄然产生。
终究，因曾国藩一个“实无教唆别情”的奏片，朝廷中断了寻求“刺马”案本相的尽力。这句话虽是“此地无银三百两”，但出自勋高柱石的曾国藩，力量非同小可，不过奉告朝中军机大臣：不要再问了，问下去就没甚么好成果了。