动静传出后，朝廷表里立即一片哗然。但因急于用舰队弹压承平军，恭亲王命总理衙门仍做了极大的禁止和让步，与李泰国再三构和，颠末几次还价还价，两边另行议定了《火轮师船章程》五条，规定由中国人充当舰队的“汉总统”，阿思本降为“帮同总统”，作战时必须服从处所督抚大员的批示调遣。同时，两边还订了攻打承平军的分赃和谈：攻占南京后，所得财物“以三分归朝廷充分，以三分半归阿思本赏本国兵弁，以三分半归中国兵弁作赏；如果阿思本率舰队独占南京，则“七分阿思本充赏。”
曾国藩从1861年1月起就夸大“是皖、吴官军之薄弱，在陆而不在水，金陵发逆之横行，亦在陆而不在水”，今后又不竭反复此论，想用这支舰队武装湘军海军。但是恭亲王对曾国藩本来就有所顾忌，果断分歧意湘军海军领受这支舰队。
曾国藩再次上奏说：“以中国之大，戋戋170万白银之船价，每年90万白银之用款，的确能够视之秋毫，了不介怀。或者干脆将这些船别离赐给各国，不要别人给钱，让李泰国落空其依托而杀杀他的高慢。”
曾纪泽感觉闭幕阿思本舰队的机会成熟了，便请曾国藩上奏朝廷，说该舰队“有害有利，已属明显，若或勉强处置，中外将恐不能相协，将来胜责相互争功，败则相互推委，设一旦激起声辩，于大局干系匪轻”。