冬十月庚申，大学士申时行请留中章奏。
玄月丙辰，以皇宗子生，诏赦天下。甲子，上两宫皇太后徽号。
冬十月丙申，苏、松大水，蠲振有差。
六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。
是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
秋七月，河决徐州。
十一月乙未，河工成。
夏四月丁巳，张四维以忧去。己未，吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。甲戌，承天大雨，江溢。是月，广东罗定兵变。
■十三年春正月辛卯，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。
秋八月癸亥，河复决崔镇。闰月乙酉朔，日蚀，阴云不见。
六月甲申，浙江大风，海溢。己丑，永昌乱卒平。乙巳，南畿、浙江大旱，太湖水涸，帑金四十万振之。
■十七年春正月己酉朔，日有食之。丁巳，太湖、宿、松贼刘汝国等反叛，安庆批示陈越讨之，败死。
冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。
是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
仲春乙丑，振广西饥。
三月甲子，免淮、扬逋赋。
是年，琉球、乌斯藏入贡。
■二十四年春仲春戊申，麻贵袭河套部，败之。
■九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。
秋七月丙申，河套部长失兔犯延绥。是月，延绥总兵官麻贵败河套部敌于上马关。
是年，琉球入贡。
秋七月丁亥，初通漕运于密云。庚寅，察京官。己亥，戒谕廷臣，诏曰：“近岁以来，士习浇薄，官方刓缺，诋老成为无用，矜便佞为有才。遂使朝廷威福之柄，徒为人臣抨击之资。用是薄示惩戒，余皆曲贷。诸臣宜祓除前愆，共维新政。若溺于故习，背公秉公，开罪祖宗，朕不敢赦。”庚子，尊皇后曰仁圣皇太后，贵妃曰慈圣皇太后。
十一月癸卯，祀天于南郊。
冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖广、山东被灾税粮。
是年，乌斯藏入贡。
■二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。
■十一年春正月壬戌，敕严边备。
六月乙卯朔，日有食之。甲子，即天子位。以来岁为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。
秋七月癸酉，免陕西逋赋。甲戌，副总兵祖承训帅师援朝鲜，与倭战于平壤，败绩。甲申，罢三边总督魏学曾，以叶兰梦代之，寻逮学曾下狱。
●■●隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，上马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经籍问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
闰三月丁丑，以彗星见，敕修省。己卯，责给事中、御史传闻讪上，各夺俸一年。
蒲月，四川建昌番反叛，讨平之。乙巳，以军储仓火及各省灾伤，敕表里官修省。
秋七月丁酉，谕吏、户二部清吏治，蠲逋赋有差，来岁漕粮折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草湾河工成。