秋玄月戊寅，青海部长永邵卜犯甘肃，参将达云败之。乙酉，诏复建文年号。
■十一年春正月壬戌，敕严边备。
●■●隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，上马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经籍问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
仲春戊戌，免兗、青、登、莱所属逋赋。庚子，立皇后王氏。
■二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。
蒲月庚子，淮、扬大水，诏察二府有司，贪酷老疾者罢之。
夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历管帐录》。
蒲月，倭犯朝鲜，陷王京，朝鲜王李〈口公〉奔义州求救。
夏蒲月癸巳，广东罗旁瑶平。
■四年春正月丁巳，辽东巡按御史刘台以论张居正逮下狱，削籍。
十仲春丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。
蒲月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。
十仲春甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。
玄月壬申，许国致仕。甲戌，申时行致仕。丁丑，吏部侍郎赵志皋为礼部尚书，前礼部侍郎张位为吏部侍郎，并兼东阁大学士，预机务。
十一月丙戌，振真定、顺德、广平灾，免税粮。
夏四月乙卯，籍张居正家。丁巳，游击将军刘綎讨平陇川贼。
是年，振江北、湖广、河南、浙江、山东饥。河南矿贼大起。乌斯藏入贡。
夏蒲月戊申，祀地于北郊。
是年，乌斯藏入贡。
冬十月乙亥，振徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水患，蠲租有差。
冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。
■九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。
十仲春甲午，诏定戚臣庄田。癸丑，河套部敌犯榆林、延绥，总兵官杜桐败之。
秋八月丙子，礼部侍郎张四维为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。丁丑，河决高邮、砀山。戊子，免淮、扬、凤、徐被水田租。
●■●万历元年春仲春癸丑，御经筵。
玄月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。
冬十月庚申，大学士申时行请留中章奏。
冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。
■二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力图，寻报罢。壬午，李如松打击王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。
三月乙巳，赐沈懋学等进士落第、出身有差。
十仲春壬辰，寺人冯保谪奉御，籍其家。壬寅，复建言诸臣职。
仲春丙申，吴淞批示陈懋功讨平之。
秋七月丁酉，谕吏、户二部清吏治，蠲逋赋有差，来岁漕粮折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草湾河工成。
秋七月丙申，河套部长失兔犯延绥。是月，延绥总兵官麻贵败河套部敌于上马关。
玄月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。