不久，福王朱由崧在南京建立弘光政权，瞿式耜被任命为广西巡府，刚走到半路，就传来南京已被攻破的动静，一时之间，天下民气浮动，瞿式耜为稳定民气，到任后便和百姓同吃同住，规劝百姓放心耕作，同时招募兵马，主动练习备战，如此，处所民气才逐步安宁。
厥后桂林城破，孔有德敬慕他的才华和威名，因而许下高官厚禄，但愿他能够投降，却被他毫不客气的臭骂一顿。最后瞿式耜慷慨赴死前，留下绝命诗一首：安闲待死与城亡，千古忠臣自主张，三百年来恩泽久，头丝犹带满天香。
逃窜天子永历帝在逃窜前，拉着瞿式耜的手，要他一起出走，被他严词回绝，这时他慷慨说道：“臣乃留守，怎可弃桂林而走？城在则人在，城破则人亡，还望今后皇上抖擞，摈除鞑虏，光复大明江山。”
无法清军势大，第二年隆武帝被杀，隆武政权随之毁灭，瞿式耜便在广东拥立桂王朱由瑯即位，是为永历帝，永历晋升他为吏部右侍郎，东阁大学士。随后几年，瞿式耜主动帮手永历帝打理朝政，稳定民气，时候不忘光复国土，规复大明江山。并曾数次打败清军大肆的打击，无法永历帝实在不争气，再加上国事衰颓之时，永历朝文武大员竟还党争不竭，自消气力，而满清气力却一日千里，乃至最后桂林被孔有德围困。
魏忠贤权倾朝野时，天下文武百官攀附者不计其数，然瞿式耜不畏强权，凡是攀附魏忠贤者，瞿式耜都以其断绝来往，文人风骨闪现无疑。然始终不得重用，赋闲在家。后李自成攻破北京，崇祯煤山吊颈，瞿式耜本欲就义，然满清铁蹄杀入关内，李自成大败，汉家江山岌岌可危，这时瞿式耜决然毁家抒难，四周驰驱。
钱谦益不由得横了毕自严一眼，而后说道：“我乃士林魁首，怎会以势压人？本日朝堂所言，不过就事论事，辽东战事打了也不是三年五年，若按毕大人的说法，那天下老百姓都不要活了。处所呈现灾患，减免赋税施助哀鸿本是常理，如何到你这里就成了祸国殃民的了呢？”
瞿式耜心中不平，无法恩师当头喝问，身为门生，又怎能顶撞？
这时见瞿式耜如许反对本身，又怎能不气！明天如果减免赋税那倒还好，如果不减免，让本身这张脸往哪放？还不被同僚笑话死！
不幸瞿式耜一身的才学，在崇祯朝十七年竟不得重用，瞿式耜，字起田，生于万历十八年，姑苏常熟人，自小便满腹才学，乃是远近闻名的神童，后拜钱谦益为师，二十七岁高中进士，而后出任江西吉安府永丰县知县，在任时，走村串巷，巡查处所恶霸，将永丰县管理的井井有条，
一时之间，支撑减免江南赋税的呼声，在朝堂之上已成赛过性上风，毕自严瞿式耜虽苦苦辩论，无法人少势弱，最后只能将最后的但愿投向崇祯天子。
这时，那些支撑减税的官员也是纷繁帮腔。
“不错，灾患一起，处所百姓民不聊生，朝廷怎能坐视不管？如此这般，国将以何为继？”
毕自严晓得他们是师徒，瞿式耜明天为了大义而反对钱谦益，这让毕自严非常打动，见瞿式耜不敢顶撞钱谦益，因而立马说道：“瞿事中本日一心为公，钱大人又何必以师尊之身苦苦相压，现在鞑虏在辽东日趋强大，已然成为我朝大患，为江山计，为百姓计，都不得不消兵，兵戈一起，便是金山银海也要耗的一干二净，这个时候又怎可减免江南赋税呢？”
写完后，向南面跪地，行五拜三叩之礼（此乃辞帝之礼），而后被孔有德所杀。可叹！可悲！一代人杰，竟落得如此了局！