弘光政权毁灭后，唐王朱聿键在福州建立隆武政权，但是身在桂林的靖江王朱享嘉却不承认，也建立政权，自主监国，后派人拉拢瞿式耜，被瞿式耜严词回绝，喝道：“现在隆武帝大位己定，自当同心共力光复大明江山，怎可兄弟手足相残，做那亲者痛，仇者快之事！”
“恰是此理，江南百姓日夜期盼朝廷降下恩情，如若朝廷置若罔闻，岂不是要将他们逼反了！”
不久，福王朱由崧在南京建立弘光政权，瞿式耜被任命为广西巡府，刚走到半路，就传来南京已被攻破的动静，一时之间，天下民气浮动，瞿式耜为稳定民气，到任后便和百姓同吃同住，规劝百姓放心耕作，同时招募兵马，主动练习备战，如此，处所民气才逐步安宁。
这时，那些支撑减税的官员也是纷繁帮腔。
不幸瞿式耜一身的才学，在崇祯朝十七年竟不得重用，瞿式耜，字起田，生于万历十八年，姑苏常熟人，自小便满腹才学，乃是远近闻名的神童，后拜钱谦益为师，二十七岁高中进士，而后出任江西吉安府永丰县知县，在任时，走村串巷，巡查处所恶霸，将永丰县管理的井井有条，
只听毕自严对崇祯跪下说道：“还请皇上圣裁。”
这时见瞿式耜如许反对本身，又怎能不气！明天如果减免赋税那倒还好，如果不减免，让本身这张脸往哪放？还不被同僚笑话死！
厥后瞿式耜联络朱享嘉部下大将焦琏，与其联手将朱享嘉抓拿，为隆武政权的稳固立下了汗马功绩，被隆武帝晋升为兵部右侍郎，委广东重担。
逃窜天子永历帝在逃窜前，拉着瞿式耜的手，要他一起出走，被他严词回绝，这时他慷慨说道：“臣乃留守，怎可弃桂林而走？城在则人在，城破则人亡，还望今后皇上抖擞，摈除鞑虏，光复大明江山。”