直至朝议结束后，曹丕分开议堂，特地引见程昱，向其扣问：“您仿佛言犹未尽？”程昱方才表示：“所谓‘能够自行下决定’的轨制，是指面对临时之急，需求尽速立定决策的时候，才气够实施的。现在反贼已经被贾信礼服，此事不会突发过分急剧的异变。是以老臣才不但愿将军急于自作主张，做出独裁的事情。”曹丕这才明白程昱的苦心，叹道：“程君真是考虑得非常殷勤啊！”他立即将河间叛变一事向曹操交代，曹操经居府长史国渊的进劝，公然命令不诛降者。曹操还都晓得来龙去脉后，非常高兴，向程昱说：“程卿不但止明于军事计略，亦长于措置别人父子之间的事情。”
建安十六年（211年），曹操征讨韩遂、马超时，曹丕留守，又使程昱参知军事。等时田银、苏伯即是河间作反，曹丕遣将军贾信征讨。叛军中有千余人请降，朝中大臣皆以为应遵还是法，尽诛降军，程昱却说：“之前之以是要诛杀投降者，是因为当时势势动乱，天下大乱，攻打贼人时采纳‘围而后降者不赦’的目标，目标在于向别的乱党显现不尽早投降的结果，让统统仇敌都感到惊骇，未围先降，那今后用兵便不需求动辄围城。现在天下情势大抵已经安宁，并且今次的战事是产生在国土以内，这些都是不成气候的贼众，杀了他们也没有能够请愿示惧的处所，落空了以往诛降的战略意义。是以我以为这些降兵不成诛杀；即便要诛杀他们，也要先扣问曹公的定见。”但是当时的大臣都说：“军事方面我们能够自行下决定，毋须事事向曹公启奏啊！”程昱闻言后，不再作出回应。
建安五年（200年），程昱迁为振威将军。当时袁绍在黎阳将移兵南渡，而程昱却只要七百兵守着鄄城，曹操晓得危急，命人奉告程昱，欲加二千兵前去鄄城助守。程昱不肯接管，说道：“袁绍拥兵十万之众，自发得所向无前。他若见我领兵少，必不敢等闲来攻。但如果增加了我的兵士，过量则不成不攻，要攻之必克，只会两损其势。愿公不要思疑！”曹操从之。袁绍闻程昱兵少，公然不敢进兵。曹操闻其事，向贾诩道：“程昱的胆略，超越孟贲、夏育啊。”
汉献帝定都许县后，以程昱为尚书。当时兖州尚未绥抚伏贴，因而又以程昱为东中郎将，领济阴太守，都督兖州事。
建安三年（198年），刘备落空徐州，前来归附曹操。程昱劝曹操杀刘备，曹操不听。
建安十八年（213年），魏国建立时，程昱为卫尉，因与中尉邢贞争威仪，遭到夺职。
建安十三年（208年），曹操南征荆州，刘琮投降，刘备奔江吴乞助。有人以为孙权必杀刘备，程昱却料道：“孙权新任在位，尚未为海内所顾忌。而曹公无敌于天下，初举荆州，威震江表，孙权固然有谋，亦不能单独抵挡。刘备则向有英名，关羽、张飞皆是万人之敌，孙权必然援助他们以防备我军。以后分道扬镳，刘备已获得实际帮助，那孙权又不能得之而杀了。”孙权公然补给军兵与刘备，以抵抗曹操。
程昱（yù）（141年—220年），字仲德，兖州东郡东阿（今山东东阿）人，东汉前期至三国期间曹魏谋士、名臣。本名程立，因梦中在泰山捧日，改名程昱。曾于东阿带领公众抗击黄巾。初平三年（192年），被曹操征辟为寿张令，今后为其出谋献策、交战四方。
程昱因而返回东阿，颠末范县时游说靳允：“传闻吕布执君母弟老婆，孝子诚不成为心！现在天下大乱，群雄并起，必有命世，能够停歇天下动乱的人，只要曹公，得主者昌，失主者亡，陈宫他叛变曹公，驱逐吕布进城，四周郡县皆呼应，仿佛有作为，但是观之，吕布何如人！吕布卤莽少亲信，朴直而又无礼，只不过是匹夫之勇罢了，陈宫等人不能相好君主。吕布兵固然浩繁，但必将失利，曹公智略不世出，乃上天所授！你定要恪守范县，我则守东阿，便可立田单之功，但愿你好好考虑。”靳允哭着说道“我不敢怀有贰心。”[5]当时氾嶷已在范县，范县县令靳允经程昱鼓励，伏兵刺杀氾嶷。