即位大典的当日夜里，朱棣拖着怠倦的身材，来到了喈凤宫。朱橚迎上前来，欢畅地说道：“四哥，五儿在此等待四哥多时了。”朱棣眼中泛着泪光，快步走上前去，将朱橚的手拉起来讲道：“五儿，你刻苦了。”朱橚笑笑说道：“不苦，有四哥相救，建文何如不了我。”朱棣打量着朱橚，感慨道：“多年不见，你竟清癯成这般模样，还说不苦，明平常朝，四哥便复你周王之位，让你归藩。”朱橚说道：“谢四哥，五儿此生只愿在藩国与一家人相伴相守，便此生足矣。”朱棣笑笑拍着朱橚的肩，“必然如你所愿，四哥会常召你来京师的。”朱橚欣喜地点着头，“四哥本日即位，我们快奉告母妃。”
纪纲向朱棣禀报了高贤宁不降一事，朱棣一声嘲笑，“他定是骂朕是燕贼，说朕篡位。”纪纲上前两步，“陛下，高贤宁并无对陛下不满之言，只是说食朝廷俸禄多年，不成负义。陛下何不饶他一命，成全了陛下惜才宽和的隽誉？”朱棣思考了一会，长叹了一口气，“高贤宁偶然令，只是如此良才不得为朕所用，可惜了。朕恭敬此人才学与时令，也好，让他回籍吧。”纪纲大喜，谢过朱棣后便跑到天牢开释了高贤宁。
有了即位圣旨，朱棣废黜了建文年号，于洪武三十五年六月十七，即位称帝。因为奉天殿被焚毁，尚未补葺结束，朱棣的即位大典便在奉天门停止。文武百官齐在奉天门跪听即位圣旨：“诏曰：昔我皇父太祖高天子，龙飞淮甸，汛扫区宇，东抵虞渊，西谕昆仑，南跨南交，北际潮海……朕乃整师入京，秋毫无犯，诸王大臣谓朕太祖之嫡，应天顺人，天位不成以久虚，神器不成以无主，上章劝进，朕拒之再三，爰乃俯徇与情，已于六月十七日即天子位，大礼既成，统统合行庶政，并宜兼举。本年仍以洪武三十五年为纪，其改来岁为永乐元年……於戏！文帝入汉，尚资恭俭之风，武王绍周，愿广至仁之化。书记天下，其体朕怀。”待宣诏官将圣旨宣读结束，仪卫官将圣旨放在了托盘之上，护送圣旨出午门、端门，直至承天门，在乐声当中，那圣旨被奉上了承天门的城楼。礼部官员将圣旨接在手中，印制送往天下各地。燕王朱棣靖难三年，终究登上了他胡想的天子宝座，改明岁为永乐。
常朝时候到了，两众锦衣卫力士别离从东西两侧走过来，随后朱棣头戴翼善冠，身着盘领窄袖的衮龙袍，腰上佩着饰虎魄与通犀的玉带，虎步龙行，向龙椅走去，身后跟着两名亲信寺人，乃是马煜与马三保。待朱棣在龙椅上坐定，马煜与马三保摆列朱棣身后，朱棣将手一挥，朝堂之上顿时雅雀无声，朱棣开口说道：“为清君侧、除奸臣，朕于洪武三十二年奉天靖难，用时三年，终究保了大明社稷。本想效周公辅成王，可不想天位已虚，朕乃太祖高天子与孝慈高皇后之嫡子，遂诸王大臣劝进再三，为保太祖江山、大明社稷，朕应天顺人，荣登大统。从今今后，朕必当励精图治，不负太祖所托。还望各位忠臣良将与朕一心，同朕共创大明乱世。本年仍以洪武三十五年为纪，其改来岁为永乐元年。”文武百官跪倒在地，齐呼万岁。朱棣接着说道：“靖难三年，功臣必赏。特追封张玉为荣国公，徐增寿为定国公，封朱能为成国公，邱福封淇国公，张信为隆平侯，张辅为新城侯，纪纲任锦衣卫批示使。别的，李景隆仍为曹国公，周王朱橚、齐王朱榑、代王朱桂、岷王朱楩各自规复爵位并归藩。宁王朱权借兵有功，改封南昌。”