梁山军团独立二旅为混成旅，由绿林各部精锐、归降官军以及梁山军团部分精锐构成，下辖五个团，共五千人，马麟任旅长。
而经太重新整编的梁山兵马共有五万余众，便称作绿林梁山军团，由晁盖亲任军团长，王伦任副军团长，军团之下设立四个师以及两个独立旅。
军机阁专管梁山军务，内设四周，别离为参谋处、军法处、督造处、军情处、
近卫旅一团为侍卫团，尽择各部精锐构成，由赵云代任团长；二团为龙骧马队团，由原梁山军团‘龙骧’特战营扩大构成，杨雄任团长；三团为虎贲步战团，由原梁山军团‘虎贲’特战营扩大构成，石秀任团长；四团为善扑团，由绿林各部精锐构成，焦挺任团长；五团为保镳团，由原王伦的保镳连扩大构成，小虎任团长；五个团各下辖十个连一千人。
二旅为金枪旅，由大破铁甲连环马的钩镰枪手、挠钩手、捆绑手构成，下辖六个营，共三千人，由徐宁任旅长。
水战师别离于梁山川泊的东、西、北三处设下水寨，由阮氏三雄分任旅长，一旅驻扎水泊正北鸭嘴滩水寨，下辖八个营，共四千人，由阮小二任旅长；二旅驻扎水泊正西金沙岸水寨，下辖六个营，共三千人，由阮小五任旅长；三旅驻扎水泊正东浮萍滩水寨，下辖六个营，共三千人，由阮小七任旅长。
亲卫师一团是晁盖的侍卫团，由绿林总部精锐构成，刘唐任团长；二团为刀盾团，由芒砀山绿林人马构成，项充当团长；三团为枪盾团，由芒砀山绿林人马构成，李兖任团长；四团为标兵团，由原梁山军团前锋营扩大构成，薛永任团长；亲卫师四个团各下辖十个连一千人。
军法处由裴宣卖力，专管军规法纪，监察奖惩。
此中本来梁山上的欧鹏、邓飞、孟康、侯健四人本就是神机家属中人，而新近上山的汤隆、樊瑞、凌振三人竟也是神机八大师族的传人。
参谋处设参赞智囊二人，别离为朱武、朱贵，专管军情策画，操演练兵，朱贵同时兼任小王庄总管。
第四师一团为重剑团，由绿林各部精锐构成，鲍旭任团长；二团为盾阵团，由原梁山军团盾阵营扩大构成，陈达任团长；三团为长兵团，由原梁山军团长虎帐扩大构成，周通任团长；四团为弓手团，由原梁山军团弓手营扩大构成，杨春任团长，四个团各下辖十个连一千人。
但天有不测风云，就在数年前，朝廷新派下一名军器督造官，接办督办军器征调之事，而这位新任的督造官倒是过分贪腐，不但死力压榨汤家接办官造的利润，更是常常向汤家索要贿赂。
第四师一旅为陌刀旅，由原彭玘所部陌刀军残剩的两千人以及梁山、绿林各部精锐构成，下辖六个营，共三千人，史进代任旅长；二旅为朴刀旅，由绿林各部精锐构成，下辖六个营，共三千人，杨林任旅长。
实在王伦本不想再为本身装备直属军队，但晁盖执意不肯，言明王伦现在已经身为天下绿林副总盟主，身边岂能没有亲卫，王伦推让不成只得应允。
政务阁专管梁山内政事件，内设六处，别离为书记处、财务处、农渔处、掌印处、医务处、发丘处。
掌印处由金大坚卖力，专管印信令符，发号施令。
现在梁山之上豪杰堆积，豪杰聚会，自晁盖、王伦以下，无不是当世英才，而最令人不测的，倒是竟然堆积了神机八大师族当中七个家属的人。
发丘处由石勇卖力，专管探墓寻陵。
别的在大败官军以后，绿林总部也自此正式迁入梁山，晁盖固然每日忙于盟内事物，日理万机，但也没忘了阿谁曾经参与智取生辰纲的首要人物，也就是引来何涛围歼红叶庄，从而使得绿林与梁山归并，现在却仍在郓城县牢里的阿谁白日鼠白胜。