1339年8月16日，53岁的后醍醐天皇因病归天。相传他临死前，一手握着《法华经》，一手抚剑，还立下遗诏：“纵领玉骨已埋南山，灵魂亦当常望北阙。”是以，后醍醐天皇的陵墓也与普通的朝南座北的传统葬式不一样，而是朝北坐南安葬。后醍醐天皇身后没多久，跟随他的几个南朝闻名武将也接踵战死，南朝仿佛“气数已尽”，但是因为足利尊氏与其弟足利直义的内杠，南朝又残喘了50多年。
1331年6月，在足利尊氏与处所豪族颠覆镰仓幕府的统治后，因多次运营倒幕行动而被北条氏放逐到隐歧岛的后醍醐天皇返回京都，拔除了由镰仓幕府搀扶的光严天皇，再次即位，重新掌控了朝政。1334年，后醍醐天皇改年号为“建武”，并实施了一系列的新政，史称“建武复兴”。
1335年7月，即建武二年，北条氏旁支北条时行在信浓举兵，并很快攻陷镰仓，史称“中先代之乱”。8月初，足利尊氏未等天皇下诏，带领500名马队，分开京都，与其弟足利直义汇合，大破北条时行，夺回了镰仓。占有镰仓后，足利尊氏并没有返回京都，而是自称征夷大将军，向后醍醐天皇竖起了反旗，这让后醍醐天皇非常恼火。11月19日，天皇任命尊良亲王、新田义贞为正副征讨将军，讨伐足利尊氏。足利尊氏与其弟率军大败天皇的军队，其间，天皇方面也曾多次击败足利尊氏。1336年5月，足利尊氏进入京都，拥立光严天皇的同母胞弟丰仁亲王即位，是为光亮天皇。“建武复兴”由此宣布结束。
1368年，年仅10岁的足利义满继任第三代幕府将军，由管领细川赖之任帮手。足利义满成年亲政后，显现出出色的统治与带领才气，前后安定了土岐赖康、山名氏清等处所保护的兵变，幕府统治得以进一步稳固。同时，颠末几次大的挞伐，南朝的权势完整阑珊。1392年，足利义满对南朝提出同一的号令，并顺利实现南北朝合体，胜利地结束长达60年的豆割状况。由此，足利义满在天下范围建立起幕府将军的绝对统治权，成为室町幕府最盛期的缔造者。