1339年8月16日，53岁的后醍醐天皇因病归天。相传他临死前，一手握着《法华经》，一手抚剑，还立下遗诏：“纵领玉骨已埋南山，灵魂亦当常望北阙。”是以，后醍醐天皇的陵墓也与普通的朝南座北的传统葬式不一样，而是朝北坐南安葬。后醍醐天皇身后没多久，跟随他的几个南朝闻名武将也接踵战死，南朝仿佛“气数已尽”，但是因为足利尊氏与其弟足利直义的内杠，南朝又残喘了50多年。
1358年4月30日，足利尊氏病故，时年54岁，埋在京都的衣笠山下的等侍寺内。足利尊氏身后，其子足利义诠继任将军，在执事斯波义将的帮部下，足利义诠安定了幕府统治，并慢慢压抑住了南朝权势。
1331年6月，在足利尊氏与处所豪族颠覆镰仓幕府的统治后，因多次运营倒幕行动而被北条氏放逐到隐歧岛的后醍醐天皇返回京都，拔除了由镰仓幕府搀扶的光严天皇，再次即位，重新掌控了朝政。1334年，后醍醐天皇改年号为“建武”，并实施了一系列的新政，史称“建武复兴”。
后醍醐天皇实施的新政，最首要的部分就是撤消威胁天皇权力的关白、摄政等职务，统统大权由天皇本人统辖，对皇室和大贵族的好正法力庇护，却对在颠覆镰仓幕府中立下军功的军人的好处不闻不问，这类做法引发了各地军人的极度不满。而与此同时，规复天皇之位没多久的后醍醐天皇为了满足一己私欲，疏忽长年战乱给百姓带来的磨难，肆意增加税收，征发劳役，在京都大兴土木，呈现了“兵革以后，世局未稳，国费民苦”的乱象。后醍醐天皇的倒行逆施激起了农夫的不满，由此，后醍醐天皇逐步落空了军人和农夫对他的支撑。
此时的足利尊氏固然获得了天皇的赐名，但是并没有获得他梦寐以求的“征夷大将军”的名号，反倒遭到后醍醐天皇的各种限定，这让足利尊氏非常绝望。
1349年，足利直义与高师直的斗争生长到了白热化阶段，高师直要求足利尊氏肃除足利直义的统统职务。足利尊氏承诺了高师直的要求，撤掉了其弟全数职务。而后，高师直更加娇纵，而足利尊氏与足利直义之间的干系也是以日趋严峻。
1335年7月，即建武二年，北条氏旁支北条时行在信浓举兵，并很快攻陷镰仓，史称“中先代之乱”。8月初，足利尊氏未等天皇下诏，带领500名马队，分开京都，与其弟足利直义汇合，大破北条时行，夺回了镰仓。占有镰仓后，足利尊氏并没有返回京都，而是自称征夷大将军，向后醍醐天皇竖起了反旗，这让后醍醐天皇非常恼火。11月19日，天皇任命尊良亲王、新田义贞为正副征讨将军，讨伐足利尊氏。足利尊氏与其弟率军大败天皇的军队，其间，天皇方面也曾多次击败足利尊氏。1336年5月，足利尊氏进入京都，拥立光严天皇的同母胞弟丰仁亲王即位，是为光亮天皇。“建武复兴”由此宣布结束。
以胜利者姿势进入京都的足利尊氏很快囚禁了后醍醐天皇，同年11月，后醍醐天皇被迫将意味天皇权威的三神器交给光亮天皇，本身则被尊为上皇。但是后醍醐天皇并不甘心被人摆布，12月21日晚，他打扮成女性贵族，乘车逃离京都，在吉野建立了新的政权，并宣布交给光亮天皇的三神器为捏造品。自此构成了与京都皇室对峙的局面，日本汗青上的南北朝由此构成。
1368年，年仅10岁的足利义满继任第三代幕府将军，由管领细川赖之任帮手。足利义满成年亲政后，显现出出色的统治与带领才气，前后安定了土岐赖康、山名氏清等处所保护的兵变，幕府统治得以进一步稳固。同时，颠末几次大的挞伐，南朝的权势完整阑珊。1392年，足利义满对南朝提出同一的号令，并顺利实现南北朝合体，胜利地结束长达60年的豆割状况。由此，足利义满在天下范围建立起幕府将军的绝对统治权，成为室町幕府最盛期的缔造者。