“营私家”平时卖力保护将军的安然，同时也兼有卖力办理“御料所”，即漫衍于诸分国的将军直辖领上的保护意向的职责。足利义满但愿强化幕府体制，统制和监督各处所的保护阶层，并借此减少其权势。
除了政所、侍所、问居处等等如许的中心机构外，室町幕府在处所上还设置了“关东御所”。“关东御所”又被称为镰仓公方或镰仓殿，由足利尊氏的第四子基氏的子孙世袭。除保护由幕府将军直接任免外，其他事物均由关东御所的辅臣“关东管领”措置。跟着关东御所气力的不竭加强，它与室町幕府的干系也日渐对峙，至幕府中前期，关东御所已经成了室町幕府最大的威胁之一。
跟着贸易活动的兴旺生长，货色运输业也昌隆起来。在一些工贸易发财地区，呈现了“马借”、“车借”等运输构造。海上运输呈现了驳船，容积达千石的也为数很多。
在减弱了山名氏清家属的权势后，足利义满将下一个目标锁定在了大内义弘的身上。大内义弘具有6国领地，是关西地区最有气力的保护大名。1399年，大内义弘宣布背叛幕府，足利义满亲任总大将，调派细川氏、京极氏和赤松氏为前锋，以总兵力3.6万人攻打大内义弘。两军交兵，大内义弘战死，幕府军队大获全胜。此役产生于应永六年，故史称“应永之乱”。
足利义满当政期间，将前两代幕府将军设置的“执事”改称为“管领”，并付与其极大的权限。管领统辖政所、侍所等中心机构，而将军对处所保护的号令，也必须通过管领传达。在室町幕府前期，“管领”职位由足利氏门下的有力保护细川氏、斯波氏、田三氏三大师族轮番担负，称为“三管领”，直至室町幕府末期，“管领”职位才呈现了私相授受的环境。