1946年5月3日，审判正式开端。远东国际军事法庭采取的是英美法系的对证制，共分为三个阶段：查察官综合陈述和提证；被告状师综合辩白和提证；被告小我辩白和提证。在这以后，就是法官的评断和宣布讯断。
终究美国作出了让步，将国旗移到了中国国旗的前面。审判前最首要的事情是撰写告状书，但是在告状书里该以何年为被告犯法日期的起点这个题目上，各国法官又产生了严峻分歧，有人以为，肇端点应当从1941年12月7日，日军偷袭珍珠港算起，有人以为应当将1937年7月7日发作的“卢沟桥事件”算起，而梅汝璈提出，应以1928年1月1日日本制造“皇姑屯事件”为对日本战犯告状的肇端日。在一番会商后，远东国际军事法庭同意了梅汝璈的主张。
因为梅汝璈的据理力图，坐次题目获得体味决，但紧接着，梅汝璈又发明了一个题目，他看到在审判席前面，插在第一名的是美国国旗，而中国排在了第二位。梅汝璈立即向庭长韦布提出，中国国旗应当插在第一名。当韦布傲慢地扣问来由时，梅汝璈慷慨陈词道：“17年间，为抗击日本侵犯者，我国军民伤亡逾3500万人，击毙击伤日军达130多万，占日军在第二次天下大战诽谤亡总数的70%。究竟充分证明，中国恰是打败日本军国主义的主力。”
1946年1月19日，按照1945年12月在莫斯科停止的有关对产生于亚太地区的大范围侵犯战役负有首要任务的日本战役罪犯停止审判的决定，远东盟军统帅部公布公告，决定设置由中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、菲律宾等11个国度构成的远东国际军事法庭。军事法庭庭长由澳大利亚法官韦布担负，查察长为美国状师基南。中国方面派出的法官是闻名法学家梅汝璈。
在电影《东京审判》中，中国法官梅汝璈说过如许一段话：“日本干了甚么？他们杀中国人、杀朝鲜人、杀菲律宾人、杀新加坡人、杀美国人、杀英国人、杀无数无数无辜的布衣！他们掳掠、他们强奸、他们放火、他们殛毙……莫非这些不敷以让他们遭到法律最峻厉的奖惩吗？！如果法律不给日本、不给这些战犯以最峻厉的奖惩，谁敢包管日本有一天不会再次挑起战役？！谁敢包管日本不会再侵犯别的国度？！谁敢包管日本军国主义的幽灵不会再次重生？！”这段话值得我们铭记于心。
1946年3月20日，在自家的客堂内，42岁的梅汝璈对前来采访他赴东京担负远东国际军事法庭法官一事的记者说道：“审判日本战犯是人道公理的胜利，我有幸受国人之托，作为寂静的国际法庭法官，决竭力依法行事，不负当局与国人嘱望。”
开庭当日，构成军事法庭的11国的查察官向法庭提出告状书，被告原有28人，实际受审者为25人。告状书以粉碎战役罪、战役罪、违背人类罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪过。在审判过程中，最令人感到不测的是中国末代天子溥仪以证人身份呈现在法庭上，这不但引发了全部日本的存眷，也引发了全天下的谛视。溥仪出庭8天，使大量被日本决计坦白的罪过和战役奥妙重见天日，而南京大搏斗幸存者在法庭的呈现，也让被告坦白究竟本相的诡计停业。
1948年3月2日，法庭结束了全数辩论，11月12日，法庭宣读讯断，判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤2、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎绞刑，16人判处无期徒刑，东乡茂德判处20年徒刑，重光葵判处7年徒刑。东条英机等7人的绞刑于1948年12月22日履行。