1948年3月2日，法庭结束了全数辩论，11月12日，法庭宣读讯断，判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤2、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎绞刑，16人判处无期徒刑，东乡茂德判处20年徒刑，重光葵判处7年徒刑。东条英机等7人的绞刑于1948年12月22日履行。
1946年4月29日，梅汝璈达到东京后，作为克服国派出的法官，下榻于东京“帝国饭店”。审判将在5月3日正式开端，但在这之前，一个题目摆在了梅汝璈面前。在开庭预演时，庭长韦布宣布入场的挨次为美、英、中、苏、加、法、新、荷、印、菲，把中国法官的坐次排在了英国的前面，这让梅汝璈没法接管，作为同盟国中受日本侵犯最为深重，在反侵犯中进献又最大的克服国之一，梅汝璈对峙以为中国应当排在第二位，他指出：“如论小我之坐位，我本不在乎。但既然我们代表各自国度，我以为法庭坐次应当按日本投降时各受降国的具名挨次摆列才最公道。”
开庭当日，构成军事法庭的11国的查察官向法庭提出告状书，被告原有28人，实际受审者为25人。告状书以粉碎战役罪、战役罪、违背人类罪控告被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪过。在审判过程中，最令人感到不测的是中国末代天子溥仪以证人身份呈现在法庭上，这不但引发了全部日本的存眷，也引发了全天下的谛视。溥仪出庭8天，使大量被日本决计坦白的罪过和战役奥妙重见天日，而南京大搏斗幸存者在法庭的呈现，也让被告坦白究竟本相的诡计停业。