此时，固然日军马队已在此布阵，但是并没有趁元军登岸半途停止进犯，而是于次日凌晨在元军登岸结束并清算好队形后，这才按日本当时对战的风俗，由主攻军队放“鸣镝”表示开战。当日本马队遵还是例由一名马队打击，前面大队跟进掩杀至元军阵前时，元军俄然鼓声高文，杀声震天，加上当时天下上最为先进的火炮的轰鸣，使得日军惊骇万分，两军刚一打仗，日本军队便死伤惨痛，伏尸如麻。
在第一次遣使“通好”被拒后，忽必烈就萌发了对日本策动战役的动机，但因为战役物质不敷，忽必烈不得不在征发民夫、制作战船上破钞大量时候。直到1274年，忽必烈才建议了第一次征日之战。这年10月，由1.5万名蒙前人和汉人兵士以及8000高丽军人构成的雄师，乘坐300艘大型战船和400～500艘小型战船开征日本。这支军队等闲地占据了对马岛和壹岐岛，并于11月19日在位于陈腐的九州首府太宰府四周的博多湾登岸。
1281年春季，也就是在征服南宋三年以后，忽必烈策动了第二次征日。由忻都、洪茶丘和金方庆统帅4万报酬东路军，由范文虎统帅10万报酬南路军，别离由高丽和宁波两地解缆。这年6月，东路军兵船呈现在博多湾海面，但是，忻都等将领看到的是本地滩头筑有石坝的博多湾，在此处实施登岸困难很大，忻都派出小股军队，颠末一番窥伺，这才晓得志贺岛和能古岛防备亏弱，未筑石坝，因而号令兵船靠近志贺岛下锚。因为这个启事，元军在偶然间为日本军队防备博得了整整一天的时候，而本来突袭博多湾的打算也变成了正面强攻。
20日晚，在参议第二天的军事行动时，元军将帅产生了分歧，有人对日本军人的英勇战役很有惧意，元军固然获得了此次战役的胜利，但死伤很多，兵疲矢尽，诡计退兵。有人则以为战役情势对元军比较无益，只要对峙苦战，便能霸占大宰府。最后，元帅忻都决定第二天全军班师返国。俗话说，天有不测风云，就在忻都做出班师返国的决定没多久，博多湾呈现了罕见的暴风暴雨。黑云压顶，民气不安，加上不熟谙地形，元军兵船一片混乱，不是相互碰撞而翻，就是被大浪打沉；四周乌黑一片，落海的元军没法相救，丧失惨痛。21日一早，日军得知元军撤退，博多海面已无元军船只，日本朝野对突如其来的台风赶走元军非常欣喜，在天下范围内展开了大范围拜神活动，称为“神风”。日本史乘则称之为“文永之役”。
二战末期，为了抵抗美国空军强大的守势，挽救失利的运气，日本水兵中将大西泷治郎提出建立特别进犯队，对打击日本本土的美国舰艇编队及牢固的集群目标实施他杀式攻击，大西泷治郎为这支特别的军队定名为“神风”。“神风”曾经给日本带来过两次有如神助般的胜利，当时他们面对的仇敌是一度横扫欧亚大陆的蒙古元军。本来敌强我弱的情势下，“神风”两次为日本带来了暴风暴雨，不但帮忙他们赶走了远道而来的元军，也吹得日本人有些飘飘然了。
两次东征日本的失利并没有让忽必烈放弃征服日本的动机，1283年，这位成吉思汗的孙子命令制作船只并且广集粮草，筹办第三次挞伐日本。但是这一次遭到了江南群众的狠恶抵挡，只好临时搁置。1285年，在安定了各地反元叛逆后，忽必烈再次命令打造战船，筹办于次年春季出兵征日。但因大臣反对，忽必烈不得以下诏罢止征日。1294年正月，忽必烈归天，征日打算也就束之高阁了。