庚寅，以太傅张禹为太尉，太常周章为司空。
孝殇天子
冬，十月，四州大水，雨雹。
丙寅，以虎贲中郎将邓骘为车骑将军、仪同三司。骘弟黄门侍郎悝为虎贲中郎将，弘、阊皆侍中。
六月，渔阳乌恒与右北平胡千馀寇代郡、上谷。
鲜卑大人燕荔阳诣阙朝贺。太后赐燕荔阳王印绶、赤车、参驾，令止乌桓校尉所居宁城下，通胡市，因筑南、北两部质馆。鲜卑邑落百二十部各遗入质。
蜀郡徼外羌内属。
尚书郎南阳樊准以儒风浸衰，上疏曰：“臣闻人君不成以不学。光武天子受射复兴，东西诛战，不遑启处，然犹投戈讲艺，息马论道。孝明天子庶政万机，无不简心，而垂情古典，游意经艺，每飨射礼毕，正坐自讲，诸儒并听，四方欣欣。又多征名儒，布在廓庙，每宴会则论难衎衎，共求政化，期门、羽林介胄之士，悉通《孝经》，化自圣躬，流及蛮荒，是以议者每称盛时，咸言永平。今学者益少，远方尤甚，博士倚席不讲，儒者竞论浮丽，忘謇謇之忠，习諓諓之辞，臣愚觉得好下明诏，博求幽隐，宠进儒雅，以俟圣上讲习之期。”太后深纳其言，诏：“公、卿、中二千石各举隐士、大儒，务取高行，以劝掉队，妙简博士，必得其人。”
永初三年己酉，公元一零九年春，正月，庚子，天子加元服，赦天下。
夏，四月，丙寅，以大鸿胪九江夏勤为司徒。
封皇兄胜为平原王。
汉纪四十一（起柔兆敦牂，尽旃蒙单阏，凡十年）
九真徼外、夜郎蛮夷，举土内属。
诏告司隶校尉、河南尹、南阳太守曰：“每览前代，外戚来宾浊乱营私，为民患苦，咎在法律怠惰，不辄行其罚故也。今车骑将军骘等虽怀敬顺之志，而宗门泛博，姻戚很多，来宾奸猾，多干禁宪，其明加检敕，勿相容护。”自是支属犯法，无所假贷。
丁丑，诏封北海王睦孙寿光侯普为北海王。
诏以北地梁慬为西域副校尉。慬行至河西，会西域诸国反，攻都护任尚于疏勒；尚上书求救，诏慬将河西四郡羌，胡五千骑驰赴之。慬未至而尚己得解，诏征尚还，以骑都尉段禧为都护，西域长史赵博为骑都尉。禧、博守它乾城，城小，梁慬觉得不成固，乃谲说龟兹王白霸，欲入共保其城；白霸许之，吏民固谏，白霸不听。慬既入，遣将急迎段禧、赵博，合军八九千人。龟兹吏民并叛其王，而与温宿、姑墨数万兵反，共围城，慬等出战，大破之。连兵数月，胡众败走，乘胜追击，凡斩首万馀级，获生口数千人，龟兹乃定。
十仲春，乙卯，以颍川太守张敏为司空。
壬午，诏：太仆、少府减黄门鼓吹以补羽林士；厩马非乘舆常所御者，皆减半食；诸所造作，非供宗庙园陵之用，皆且止。
夏，四月，鲜卑寇渔阳，渔阳太守张显率数百人出塞追之。兵马掾严授谏曰：“前道险阻，贼势难量，宜且结营，先令轻骑侦视之。”显意甚锐，怒，欲斩之，遂进兵。愚虏伏发，士卒悉走，唯授力战，身被十创，手杀数人而死。主簿卫福、功曹徐咸皆自投赴显，俱殁于陈。
乙酉，罢鱼龙曼延戏。
汉孝安天子上
清河孝王庆病笃，上书求葬樊濯宋朱紫冢旁。十仲春，甲子，王薨。
乙亥，殒石于陈留。
司空陈宠薨。
六月，丁未，以太常尹勤为司空。
丙寅，葬孝殇天子于康陵。以连遭大忧，百姓苦役，方中秘藏及诸事情事，事减约非常家一。
郡国三十七雨水。
永初二年戊申，公元一零八年春，正月，邓骘至汉阳；诸郡兵未至，钟羌数千人击败骘军于冀西，杀千馀人。梁慬还，至敦煌，逆诏慬留为诸军援。慬至张掖，破诸羌万馀人，其能脱者十二三；进至姑臧，羌大豪三百余人诣慬降，并慰譬，遣还故地。