三月，戊申，以河南尹何进为大将军，封慎侯，率摆布羽林、五营营士屯都亭，补缀东西，以镇京师；置函谷、太谷、广成、伊阙、辳辕、旋门、孟津、小平津八关都尉。帝召群臣集会。北地太守皇甫嵩觉得好解党禁，益出中藏钱、西园厩马以班军士。嵩，规之兄子也。上问计于中常侍吕强，对曰：“党锢久积，情面愤懑，若不赦免，轻与张角同谋，为变滋大，悔之无救。今请先诛摆布贪浊者，大赦党人，料简刺史、二千石可否，则盗无不平矣。”帝惧而从之。壬子，赦天下党人，还诸徙者；唯张角不赦。发天下精兵，遗北中郎将卢植讨张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊讨颍川黄巾。
朱俊之击黄巾也，其护军司马北地傅燮上疏曰：“臣闻天下之祸不因为外，皆兴于内。是故虞舜先除四凶，然后用十六相，明恶人不去，则善人无由进也。今张角起于赵、魏，黄巾乱于六州，此皆衅发萧墙而祸延四海者也。臣受戎任，奉辞讨伐，始到颍川，战无不克。黄巾虽盛，不敷为庙堂忧也。臣之所惧，在于治水不自其源，末流弥增其广耳。陛下仁德宽大，多所不忍，故阉竖弄权，忠臣不进。诚使张角枭夷，黄巾变服，臣之所忧，甫益深耳。何者？夫邪正之人不宜共国，亦犹冰炭不成同器。彼知君子之功显而危亡之兆见，皆将巧辞饰说，共长虚假。夫孝子疑于屡至，市虎成于三夫，若不详察真伪，忠臣将复有杜邮之戮矣！陛下宜思虞舜四罪之举，速行谗佞之诛，则善人思进，奸凶自息。”赵忠见其疏而恶之。燮击黄巾，功多当封，忠谮诉之。帝识燮言，得不加罪，竟亦不封。
太尉杨赐时为司徒，上书言：“角诳曜百姓，遭赦不悔，稍益滋蔓。今若下州郡捕讨，恐更骚扰，速成其患。宜切敕刺史、二千石，简别流民，各护归本郡，以孤弱其党，然后诛其渠帅，可不劳而定。”会赐去位，事遂留中。司徒掾刘陶复上疏申赐前议，言：“角等诡计益甚，四方私言，云角等窃入京师，觇视朝政。鸟声兽心，私共鸣呼。州郡忌讳，不欲闻之，但更相告语，莫肯公文。宜下明诏，重募角等，赏以国土，有敢躲避，与之同罪。”帝殊不为意，方诏陶次第春秋条例。角遂置三十六方，方犹将军也。风雅万馀人，小方六七千，各立渠帅。讹言：“彼苍已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”以白土书都城寺门及州郡官府，皆作“甲子”字。风雅马元义等先收荆、扬数万人，期会发于邺。元义数来往京师，以中常侍封谞、徐奉等为内应，约以三月五日表里俱起。
交趾乌浒蛮久为乱，牧守不能禁。交趾人梁龙等复反，攻破郡县。诏拜兰陵令会稽朱俊为交趾刺史，击斩梁龙，降者数万人，旬月尽定；以功封都亭侯，征为谏议大夫。
爵号皇后母为舞阳君。
夏，四月，庚子，赦天下。
北中郎将卢植连战破张角，斩获万馀人，角等走保广宗。植筑围凿堑，造作云梯，垂当拔之。帝遣小黄门左丰视军，或劝植以赂送丰，植不肯。丰还，言于帝曰：“广宗贼易破耳，卢中郎固垒息军，以待天诛。”帝怒，槛车征植，减死一等；遣东中郎将陇西董卓代之。
张曼成屯宛下百馀日。六月，南阳太守秦颉击曼成，斩之。
八月，皇甫嵩与黄巾战于苍亭，获其帅卜已。董卓攻张角无功，抵罪。己已，诏嵩讨角。
五原山岸崩。
孝灵天子中
庚子，南阳黄巾张曼成攻杀太守褚贡。
秋，七月，有星孛于太微。